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标题: 求助：关于刚性分子约束的问题 [打印本页]

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Author: 小柏桐 时间: 2023-2-17 16:48
标题: 求助：关于刚性分子约束的问题
本帖最后由小柏桐于 2023-2-17 17:07 编辑

老师们我想问：
我的体系是水和硫酸根，用的模型为刚性，在top文件硫酸钙部分设置时候，我想约束S-O之间的键长，把键长约束为0.15nm,但是能量最小化一直不是收敛，结构也变形了。不知道是哪的问题。下边是.mdp top文件
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Author: 喵星大佬 时间: 2023-2-17 18:31
你要约束O-O的距离或者键角

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Author: 小柏桐 时间: 2023-2-17 18:55

喵星大佬发表于 2023-2-17 18:31
你要约束O-O的距离或者键角

我试试

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Author: sobereva 时间: 2023-2-18 06:00
用刚性模型没任何实际好处。直接用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）给你产生拓扑文件就完了
另外，原子电荷不能简单地写成氧化态的数值

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Author: 小柏桐 时间: 2023-2-21 17:09

sobereva 发表于 2023-2-18 06:00
用刚性模型没任何实际好处。直接用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）给你产生拓扑文件就完了
另 ...

好的，老师

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Author: JCenter 时间: 2025-4-30 15:00

sobereva 发表于 2023-2-18 06:00
用刚性模型没任何实际好处。直接用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）给你产生拓扑文件就完了
另 ...

老师，sobtop程序官网的例1是关于无机刚体体系的拓扑文件产生，既然是无机刚性了，为什么itp中设置约束变成刚性模型，反而没啥实际好处呢，还是说，DRIH方法计算力常数已经考虑了刚性的处理了，就没必要再约束成刚性结构了。

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Author: sobereva 时间: 2025-5-1 11:58

JCenter 发表于 2025-4-30 15:00
老师，sobtop程序官网的例1是关于无机刚体体系的拓扑文件产生，既然是无机刚性了，为什么itp中设置约束变 ...

本来就没必要用约束，还故意设置约束纯属添乱+多余

用足够大的键角力常数直接就保证了结构的足够刚性

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Author: JCenter 时间: 2025-5-4 22:31

sobereva 发表于 2025-5-1 11:58
本来就没必要用约束，还故意设置约束纯属添乱+多余

用足够大的键角力常数直接就保证了结构的足够刚性
...

好滴，感谢卢老师

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