计算化学公社

标题: OPC3水模型与AMBER14SBOL15力场一起用效果怎么样 [打印本页]

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-2-17 19:36
标题: OPC3水模型与AMBER14SBOL15力场一起用效果怎么样
之前在培训上听社长说AMBER14SB与TIP3P水模型一起使用效果很好。但是TIP3P水模型在重现水的性质方面有些许欠缺。
我做的是蛋白配体的分子动力学模拟，需要通过分子动力学方法得到关键位点附近某些种氨基酸的红外光谱，通过获得其偶极矩基于自相关函数得到光谱。分子动力学模拟时蛋白和配体势必与水分子发生作用，所以我觉得好的水模型对于这类计算精确度更高。就想问下社长，AMBER14SBOL15的力场+配体GAFF力场结合OPC3三点水模型模拟，在计算环境中氨基酸的偶极矩方面是不是比TIP3P水模型精确性更高呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-18 06:11
你当前的目的不是描述好水本身，水只是起到环境作用，这种情况下刻意用模拟水自身性质好的水模型未必有什么额外好处。虽然TIP3P描述纯水属性相对很烂，但起码和AMBER14SB结合使用对蛋白质构象描述的兼容性很好，有文献支持，因此比起用OPC3糟质疑的风险更小。

倘若非要对水模型特别较真，那你只能用CP2K基于DFT跑一个小肽的红外光谱作为参考，考察不同水模型下基于经典力场动力学产生的红外光谱结果好坏。但这很花时间。

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-2-18 08:52

sobereva 发表于 2023-2-18 06:11
你当前的目的不是描述好水本身，水只是起到环境作用，这种情况下刻意用模拟水自身性质好的水模型未必有什么 ...

谢谢社长，还有个小问题想问一下，既然与TIP3P组合描述蛋白的构象兼容性好，而GAFF力场与AMBER兼容，是不是用这个TIP3P水模型意味着计算小肽的光谱性质造质疑的风险也会更小呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-19 01:27

uenh1998 发表于 2023-2-18 08:52
谢谢社长，还有个小问题想问一下，既然与TIP3P组合描述蛋白的构象兼容性好，而GAFF力场与AMBER兼容，是不 ...

本来模拟小肽就应该用专门的蛋白质力场而不是GAFF

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-2-19 17:45

sobereva 发表于 2023-2-19 01:27
本来模拟小肽就应该用专门的蛋白质力场而不是GAFF

谢谢社长，我大体明白一些了。是不是意味着，如果考虑小分子处于蛋白结合位点，计算受蛋白及周边环境影响下的小分子光谱，AMBER14SB蛋白，GAFF小分子，TIP3P水模型，这个组合计算的小分子光谱结果还是容易受到审稿人抨击。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-20 02:32

uenh1998 发表于 2023-2-19 17:45
谢谢社长，我大体明白一些了。是不是意味着，如果考虑小分子处于蛋白结合位点，计算受蛋白及周边环境影响 ...

不意味着

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-2-20 08:31

sobereva 发表于 2023-2-20 02:32
不意味着

感谢社长的解答，我明白了

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