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标题: 关于gromacs输入分子模型操作问题 [打印本页]

作者
Author: a-Student 时间: 2023-2-18 19:48
标题: 关于gromacs输入分子模型操作问题
老师，打扰您，刚刚接触gromacs，其中几个操作有写请教的问题，如图，原文描述“将 50 个优化好的分子 1 随机插入边长为 6 纳米的立方盒子，其余部分用水溶剂填满，得到浓度为 9 mol%的分子的水溶液”
1. 请问老师，这个将50个优化好的分子随机插入，这个操作是如何进行呢，我知道VMD可以，难道是把这50个相同分子VMD一个一个手动随机摆放的么？
2. 老师，这个9mol%的水分子是如何计算的呢？
麻烦老师了，谢谢您

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-19 01:19
1 用gmx insert-molecules命令

2 摩尔分数，基本化学常识。忘了的话看https://en.wikipedia.org/wiki/Mole_fraction

作者
Author: a-Student 时间: 2023-2-19 11:37

sobereva 发表于 2023-2-19 01:19
1 用gmx insert-molecules命令

2 摩尔分数，基本化学常识。忘了的话看https://en.wikipedia.org/wiki/Mo ...

谢谢您，再请教您一下，他这个随即插入多少多少个分子，是作者随便添加的么？还是由公式计算这个盒子里应该添加多少分子？麻烦您

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-20 02:24

a-Student 发表于 2023-2-19 11:37
谢谢您，再请教您一下，他这个随即插入多少多少个分子，是作者随便添加的么？还是由公式计算这个盒子里应 ...

摩尔分数只决定了两类分子的比例，具体插多少看盒子大小，尽量填满。

作者
Author: Hanna110 时间: 2025-9-12 20:58

sobereva 发表于 2023-2-20 02:24
摩尔分数只决定了两类分子的比例，具体插多少看盒子大小，尽量填满。

插入粒子的时候是否需要考虑浓度，比如模拟的体系是1M NaPF6 in DME, 根据这个浓度边长为1.5nm的cube中最多插入2个NaPF6和19个DME,这个数量盒子显然很空却符合实际情况，这时候模拟还是要尽量填满吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-13 01:31

Hanna110 发表于 2025-9-12 20:58
插入粒子的时候是否需要考虑浓度，比如模拟的体系是1M NaPF6 in DME, 根据这个浓度边长为1.5nm的cube中最 ...

显然需要体系在NPT平衡后能满足你期望的浓度

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