公社群聊Q&A整理：2016.06.04 19 ~ 2016.06.07 01 Concate - 计算化学公社

2016.06.04 18:49:21
Q:
请问大家，UltraEidt怎么注册来着？求教
A:
群共享里ultraedit压缩包里面有注册流程
Q:
老师，我注册生成这个用户码，注册机在哪里？
A:
压缩包里没这个？
[图片]
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2016.06.04 19:09:39
Q:
老师，[图片]是不是正值代表成键负值反键？？
A:
y
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2016.06.04 20:05:56
Q:
高斯B3LYP/6-311+g**过渡态能垒为负数，跑irc没问题，这是怎么回事呢？
A:
漏了中间体
Q:
[表情]但是irc跑出来的的确是预期中的反应物和产物……
/强但是irc跑出来的的确是预期中的反应物和产物……
A:
此时电子能量不可能过渡态比反应物高
因为IRC曲线不可能是U型
Q:
我用IRC跑了25个点，再opt得到稳定结构，作为反应物或产物…… 这种操作不对？
A:
IRC两边能量比TS低，你拿两边结构优化，能量继续降低，怎么可能比TS高了？
基本的逻辑
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2016.06.04 20:47:43
Q:
老师您好请问n轨道怎么找
我想知道 HOMO LUMO n轨道的能级
A:
看这里例子
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
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2016.06.04 21:03:32
Q:
sob老师，您前两天发的关于重组能和黄昆因子的帖子，我主要计算黄昆因子，有的分子能计算出来，有的分子在最后运行dushin的时候遇到这样的提示信息，out文件不能正常的结束，不知道是为什么？希望能得到老师的解答。谢谢了。[图片]
A:
大抵是dushin.dat写得有问题
Q:
[图片]sob老师，这就是我的dushin.dat
A:
末尾多空几行看看
Q:
嗯嗯，好的，sob老师。我试试。谢谢了哦。
sob老师，加空格试了一下，错误信息跟刚才一样，是不是分子的变形性太大了？跟源代码有关吗？
A:
第一行第二个参数也可以改改看
Q:
嗯嗯，老师。中午了，您睡会觉吧。
sob老师，有来打扰您了，您说的改过了，试了好几个数，没有刚才的错误提示了，但是还算不下去，只能算到红色线所在的部分[图片]
A:
那就不知道了
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2016.06.04 22:31:41
Q:
大家有人会用CCSD(T)/CBS方法吗，看了sob老师的外推方法，可是看不懂，麻烦谁会用，谢谢。
A:
看博文还看不懂，别人更没法给你讲明白
CCSD(T)算几个点能量往式子里一代就完了
Q:
谢谢，看到sob的帖子，里面提到近似获得CCSD(T)/CBS下相关能的方法是：
E_corr(∞)_CCSD(T) ≈ E_corr(∞)_MP2 + [ E_corr(Small)_CCSD(T) - E_corr(Small)_MP2 ]
这里面E_corr(∞)_CCSD(T)，E_corr(∞)_MP2，以及其他两项都代表什么意思，不知道该怎么计算。
A:
博文连MP2/CBS外推的例子都给了，没法更良心
你若CCSD(T)/cc-pVQZ能算得动，就甭管这个
[图片]
CCSD(T)/大基组能消受的话就直接用这个外推就完了
[图片]
Q:
谢谢sob，里面的各个项目看不懂。所以想问下怎么计算，还有E_corr这个是校正能吗？计算结果里面能直接看到不，还有(∞)不知道什么意思。
不好意思，对这些不熟悉
A:
E_corr是相关能啊
CBS=完备基组，∞表示
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2016.06.04 23:22:16
Q:
请问 [图片]到这[图片]怎么操作？谢谢
A:
[图片]
Q:
我错了
有空格
还是不太会[图片]老师指教下，谢谢了
A:
直接输个dir（只许输入dir）看显示什么
Q:
嗯
A:
[图片]
gif和gjf不分
[图片]
这年头的骚年都怎么了
有没有空格看不出来
全角和半角不分
i和j分辨不出
...
发错了
Q:
[图片]还是不行，sob老师
只输入dir是这样的
A:
直接输dir *.gjf显示啥？
Q:
[图片]
A:
[图片]
Q:
[图片]
A:
你当前目录都没有gjf哪能直接输入*.gjf
Q:
老师，那怎么进入tests文件夹里面，用什么命令
A:
cd啊
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2016.06.04 23:22:16
Q:
初学的时候好长时间都以为是gif，zero point energy和single point energy分不清
什么是零点能
A:
[图片]
Q:
[表情]
A:
好久没发这图了
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2016.06.04 23:33:37
Q:
请教一个问题，做opt=modredundant的时候，二面角转360度不就回到0度的位置了么，为什么0点的单点能和360度的单点能不一样呢？
[图片]
A:
问作者
那个图本身就有问题，至少有严重歧义
其它维度会变是在你扫的这个角旋转为指定值之后再做限制性优化的事
除非它每次扫描是基于上一步优化完的结构再把指定的二面角累加指定角度，这样优化会有“拖后”效果，才导致0和360度结构不一样。如果都是相对于初值+步数*扫描步长来定义初始结构，显然0和360度初始结构一样，不可能限制性优化到不同结构上
Q:
谢谢Sob老师指正，请问opt=modredundant默认是哪种定义初始结构的方式？您说的“初值+步数×扫描步长”如何实现呢？
A:
本来就是这样定义的
[图片]
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2016.06.05 03:16:41
Q:
老师我在优酷上搜到你的订阅号了，你的那些视频看上去不像是手机录制的，是专业的还是DV？
[图片]
A:
NEX-5R
用手机录太low才不干这种事
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2016.06.05 04:11:42
Q:
各位前辈好！能不能请教一下：双原子分子的势能面不能交叉，多原子分子的势能面可以交叉，这种说法对吗？为什么
A:
双原子分子不同自旋多重度或不同不可约表示势能面显然能交叉
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2016.06.05 17:11:00
Q:
[图片]
换 LIBCINT
A:
出个libfint才好
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2016.06.05 19:10:08
Q:
[图片]，谁会导出这些振动数据
灰常感谢，能不能教教我
？？？
Lee 不要光谱数据，我只用它的频率
A:
用Multiwfn
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
界面里选-1直接直接输出到屏幕上，按手册5.4节的方式一拷贝就全出来了
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2016.06.05 19:42:58
Q:
大家谁用过双杂化密度泛函方法，XYG3输入命令咋写？
A:
高斯不支持XYG3，Q-chem支持，怎么写看手册
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2016.06.05 20:38:17
Q:
我高斯在B3LYP/6-311+G(d)水平对[FeCl4]-阴离子进行opt+freq计算，结果总是报错：>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(UB3LYP) = -3104.84533943 A.U. after 129 cycles
NFock=128 Conv=0.47D-04 -V/T= 2.0018
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 1.0888 S= 0.6571
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 1.0888, after 0.7745
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home/gaussian/g09/l502.exe at Sun Jun 5 12:08:18 2016.
请问这是因为基组没选对吗？
嗯呢，可是各种改int=ultrafine，SCF=NoVarAcc，SCF=noincfock都不行
http://sobereva.com/ 去这里面找找吧，只要是Sob老师的博文应该都在
A:
能用的办法还多的是
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.06.05 21:28:34
Q:
请教各位老师，Sob老师之前貌似有写过关于基组（由入门到精通）的博文总结吧，之前貌似看到过，可现在找不到了，还请有知道的老师分享一下~不胜感激。。。
A:
从没写过
你可以看群共享里基组入门资料小合集
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2016.06.05 22:17:31
Q:
请问用在内坐标下怎么做收敛判据
Cartesian下，用均方根位移
可是内坐标不能这么干啊。键长，键角，二面角这三个分别去加权重再判断么？
A:
可以再转换回笛卡尔坐标，和前一个结构align一下，判断RMSD
Q:
谢谢sob，那个align好实现么？如果转动，平动在里面，收敛能难的。
A:
align就相当于最小化RMSD，以此消掉整体平动转动，剩下的那点就是实际结构变化
算法很容易
Q:
OK，我去试试吧，这个一般的计算程序都会有这段吧
A:
实际量化程序可能用的别的判断方式，但至少align后再判断是可行的途径
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2016.06.05 22:18:18
Q:
各位老师好，我目前用了B3LYP\DZP , BP86\DZP，M06L\TZP 做了优化，现在想算单点能应该用什么方法基组？
A:
不要用那些非主流老掉牙的基组
优化6-31G*或def2-SV(P)，单点可以TZVP
Q:
sob老师好：因为我的体系较大，计算时间较长，所以现在更换基组优化需要很长时间，在目前的优化精度下，可以选择什么方法基组来进行单点能计算？
A:
TZVP
Q:
好的、谢谢sob老师！
sob老师好：我还有一个问题，如果我用TVZP基组算单点能，用M06L方法可以吗？
A:
可
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2016.06.05 22:26:41
Q:
S请问下，opt. Freq td 三个关键词能写在一个命令行，用在优化激发态结构和频率计算么？
A:
可
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2016.06.05 22:54:02
Q:
请教一下，第一次审稿 Remarks to the editor ，该写点什么呢？
A:
没得写就留空
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2016.06.05 22:55:55
Q:
请问双自由基的多重度是0 3还是0 5？
三线态
请问三线态双自由基的多重度是0 3还是0 5？单线态（例如卡宾）的多重度是又怎么设置？
A:
三重态的一般不叫双自由基
三重态显然是0 3
单重态自旋多重度当然设1
Q:
但是卡宾明显与基态不一样
A:
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
Q:
双自由基是不是按照 0 5？
A:
博文看完再问
Q:
看完了，因为不是物化专业，有些地方不理解，例如单重态双自由基·CH2-CH2-CH2-CH2·，这个概念是不是意味有基态和三重态？
A:
此体系基态是单重态，三重态是激发态
Q:
那么必须采用群主的博客方法去运算，不可以采用惯常那种方法如 0 3来运算，是不是这样理解？
或者0 2
A:
然
对双自由基的单重态基态计算，要么用对称破缺方式做HF/DFT算，要么CASSCF/多参考方法。对称破缺明显容易且快得多
Q:
之前看别人计算自由基的时候加了 guess=（mix,always)
不知道这个是有什么作用么？
A:
看博文，都写了
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2016.06.06 00:00:22
Q:
大家好，超精细耦合常数具体是怎样计算的呢？
A:
看
J. Phys. Chem. A 1997, 101, 3174-3181
J. Phys. Chem. 1994,98, 5024-5033
Q:
[图片]在第一个公式中，ρ(X)是费米接触作用，是指的计算直接出来的自旋密度么？
恩，我看这两个文献了。只不过对公式中的具体数值代入，有些疑问
A:
就是原子核处的自旋密度
Q:
[图片]假如我要算Si2原子上的超精细耦合常数，截图是VASP直接计算出来的自旋密度为，那我把Si2上的自旋密度得到就行了吗？
A:
截图只是个等值面而已，你得算出原子核处的值
开壳层体系，高斯算完了末尾直接就给原子核处的自旋密度
Q:
噢...那VASP可以算出来么
没有用过高斯[表情]
A:
分子体系用第一性程序干嘛
效率低，精度差
Q:
[图片]
是这里么？
A:
而且基于平面波+赝势计算就注定不可能得到原子核处自旋密度
y。培训班第四天下午讲过，有例子，当时一带而过
Q:
上面那个图就是高斯计算最后得到的？直接就有数值了
A:
那就拿基于全电子的程序算
y
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2016.06.06 00:07:12
Q:
请问改小分子： SB3_edit.pdb 的参数文件 SB3_resp_int.prep如何得到（用Amber处理）？
我直接用antchamber处理，采用bcc电荷。问题是： 1）输出文件原子序号发生变化；2）参考文件中C1的类型为ct, 可我在gaff中找不到。3） SB3_resp_int.prep中最后一列代表什么？如何得到？
A:
最后一列明显是原子序数
序号发生变化免不了
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2016.06.06 00:21:35
Q:
g09怎么用DFT-D3M ?
A:
能自行定义DFT-D3泛函的参数，看手册，改成D3M的参数大抵可以，未测试
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2016.06.06 01:11:07
Q:
大家好请问一下vmd中显示的图片如何保存成图片格式谢谢
A:
看1.4节http://sobereva.com/291
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2016.06.06 01:17:00
Q:
麻烦问一下，输出文件如右图所示[图片]
哪儿错了
A:
硬盘写满了
Q:
删掉一部分内容就好了？
谢谢老师啦
把已经算好的分子删了
A:
清空垃圾文件、之前计算临时的文件
如果用很不合适的计算级别，写满硬盘是自找
诸如明明B3LYP/6-311G** freq就足够，非要用MP2/aug-cc-pVTZ freq，硬盘写满就是自找
Q:
老师[图片]
这个还行吧
oh，no
我不用
请老师莫心伤
[图片]
我刚刚删了很多不用的文件
那怎么办
A:
仔细看上面的回复，不要当耳旁风
Q:
我不会把rwf劈裂成几个
也不会写到不同的硬盘
A:
DFT freq的rwf文件若非得占几百G才能算完，几乎一定是基组用的太大，根本毫无意义
[图片]
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2016.06.06 01:34:06
Q:
[图片]
大家好
问下这和错误怎么解决呀
103
A:
opt=cartesian
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2016.06.06 01:36:08
Q:
老师按照1.4的方法可是bmp格式的图片保存在哪儿了谢谢
A:
vmd目录
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2016.06.06 03:53:56
Q:
老师您好，想要在文章中引用您在物理化学进展中发表的GCDA方法，因为之前没有引用过中文期刊，所以有一点疑问，请问Journal of Advances in Physical Chemistry 有官方的缩写形式吗，引用的时候期刊中文名需要给出吗，谢谢老师
老师您好，这两个好像不是一个期刊Journal of Advances in Physical Chemistry
Advances in Physical Chemistry
A:
J. Adv. Phys. Chem.
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2016.06.06 06:59:02
Q:
请问，PCM模型下优化有机分子的几何，一般文件后面都做什么关键字限制？
A:
限制what？什么限制也不用
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2016.06.06 08:08:41
Q:
请问老师，算键解离能的时候，应该提取哪个值呢。
看好多文献说提取这个数据
Sum of electronic and zero-point Energies
也有说用这两个Thermal correction to Enthalpy
Sum of electronic and thermal Enthalpies。
/晕
A:
[图片]
Q:
谢谢sob老师。gaussian结合multiwfn一起能够算出分子中的键能吗？谢谢老师，
A:
[图片]
跟multiwfn没关系
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2016.06.06 11:20:22
Q:
Sobereva帮帮看看一个ONIOM的输出文件，没给任何错误信息，任务就死掉了..
我上传LOG
Sobereva老师帮看看，难道是MM部分的初始构型太差啦？
A:
未必构型差，很可能是当前力场对于当前体系的当前构型来说太差
毕竟UFF算生物体系烂得一塌糊涂，而且又没恰当定义电荷
出错直接原因是当前计算级别下结构受力太大
Q:
我用高斯view加的amber电荷..微迭代不收敛,
然后才改掉的
sobereva老师可有什么建议..
A:
先用amber力场+力场自带的电荷，把中间那个分子去掉，看看能否优化
从简到复杂慢慢折腾
反正UFF算这个肯定没戏，就算跑出来结构估计也不合理，至少不准确。
Q:
嗯...谢谢..
即使去掉中间部分，用amber能优化，但是最终也要算QMMM的，算QMMM的时候amber又不能用.. 最终还是得用UFF，..唉麻烦
A:
用antechamber搞中间部分参数然后读入，或者QM区域设得大（就是之前高斯的人跟你说的那个情况），那么中间区域缺的参数随便定义就行了。
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2016.06.06 15:47:54
Q:
TST方法中以过渡态结构来做IRC, CVT中用什么结构做ＩＲＣ？@卖萌君
A:
IRC上自由能最大点，见
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
Q:
这边文章已经拜读过了，刚才的问题问的有点问题，对于没有势垒的反应用CVT时，IRC用什么结构做？@Sobereva
A:
那就没IRC了
或者通过诸如柔性扫描方式得到自由能面上的近似IRC的路径找其中最大点
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2016.06.06 15:57:44
Q:
[表情]
娃娃在这里
娃娃-首席卖萌官今天第1个签到
我在本群沉默一年今天第1个签到
娃娃-首席卖萌官撤回了一条消息
娃娃-首席卖萌撤回了一条消息
A:
刷无意义的大图扣两分，已记录
Q:
/擦汗
[表情]
我撤回了，可以不扣分不/委屈
A:
以后不重犯就消掉
Q:
怎么扣分
A:
看群共享群规，群主有小本本记录扣分情况，超过12分就踢
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2016.06.06 16:07:18
Q:
各位老师早上好，咨询一下：it（重组能） is independent on isotopic substitution since the equilibrium geometry and electronic-state energy are the same for different isotopomers. 这句话的意思是，H被氚取代之后，几何构型和电子能量不变？所以，S0到S1的重组能不变？为啥？按说不是原子核变重了，构型应该变化？谢谢指点
A:
势能面极小点结构显然不可能变化，电子薛定谔方程哪有原子质量项。会变化的是振动平均结构
Q:
谢谢sob老师，为什么势能面的极小点不变？我的感觉是，优化的时候，不是大循环是核动？谢谢老师
A:
电子薛定谔方程哪有原子质量项
解出来的能量哪依赖于原子质量
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2016.06.06 17:10:01
Q:
求文献！Effects of Alkyl Terminal Chains on Morphology, Charge Generation, Transport, and Recombination Mechanisms in Solution-Processed Small Molecule Bulk Heterojunction Solar Cells
A:
字号不得超过12，求文献时给明链接，看群共享里群规
Q:
求文献！Effects of Alkyl Terminal Chains on Morphology, Charge Generation, Transport, and Recombination Mechanisms in Solution-Processed Small Molecule Bulk Heterojunction Solar Cells
A:
再发第三遍就踢
Q:
。。。。顶风作案
A:
已经记在小本本了
Q:
现在好像帮下文献也有风险
昂，是不那个查文献的也不行了
A:
仅限sci-hub能下的
较新的wiley的文献用sci-hub无效
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2016.06.06 17:27:41
Q:
老师，现在我们用的高斯自带nbo吗？@Sobereva
[图片]
[图片]
报错，说不识别关键词
A:
自带NBO 3.1
你没定义连接关系还写geom=connectivity干嘛
删了
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2016.06.06 17:31:02
Q:
请问一下各位大神，B3LYP-D3优化过渡态是不是特别容易出现小虚频，尝试了几次都消不掉，有什么好的办法吗？
A:
如果是BJ阻尼改成零阻尼
如果体系本身没必要用D3就甭用
Q:
用的G09 D01版本。
@ D调试试B3LYP-D3(BJ) 啊
。。。这不把人往坑里扔
[图片]
有几个虚频搞了好几次一直没消掉
A:
去掉BJ
怎么能用6-31G？
Q:
这怎么是个坑呢？
A:
D3BJ的频率不精确，是老生常谈的
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2410
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2016.06.06 17:35:23
Q:
[图片]老师，我跑了一个无定形TiO2的AIMD,可是用VMD看结构，原子间的连接太乱了，如何能像右图那样显示，有办法吗？
A:
换成dynamic bond显示方式
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2016.06.06 17:36:15
Q:
老师，计算弱相互作用，原子较多的碳氢氧体系，在做优化时可以用B3LYP-D3/6-31G**，不加弥散可以吗？@Sobereva
A:
最好用6-311G**优化，不会比加弥散优化结果差，而且耗时还更低，结果比6-31G**强得多
Q:
这两者有什么差别呢？6-311G和6-31G
A:
看刚传的基组入门资料小合集
Q:
[图片]
怎么能用6-31G/偷笑
怎么能用6-31G[表情]
这张到底什么意思？
A:
就是6-31G是兀秃兀秃的
洒家做此图以此讽刺使用6-31G、说6-31G的人
近来看到太多6-31G了，压不住火
6-31G*都用不动就用3-21G，不丢人
用6-31G就丢人了
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2016.06.06 17:45:31
Q:
B3LYP-D3(BJ) 和 B3LYP-D3M(BJ) 优化一结构，能量相差 2.1 kcal/mol ，好像有点多。
另外应该设法确证参数载入正确，且在G09中通过载入参数方式使用D3M是正确的方式。例如与文中的修正的D3程序的结果对照。
一个是d3m(bj)，一个是d3(bj)，其他的参数都相同
D3M那篇文章不是用g09做的，不同程序计算同一结构，会有差异，这怎么跟文章比较？
[图片]
关于D3M和D3的差别，人家的SI里都给出了。对结合能的修正量即使在近程也在0.X kcal/mol的量级，正常的分子间作用力距离都在 0.1 kcal/mol 以下；你说的差 2.1 kcal/mol 明显有问题
你这是“绝对能量的误差”，不是“能量差的误差”，例如有意义的是计算 A <--> B 的△G在两种方法下的差别，即△△G
我优化的是单个分子，1-chrolo-2-nitroethane
A:
D3M是算相互作用能的
D3参数对总能量的影响在算相互作用能求差的时候会很大程度抵消
Q:
Edisp跟dftd3 的相同，算的应该没问题啊
Sob说了，你这比较方法就不合理
A:
化学感兴趣的是相对能量而不是绝对能量
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2016.06.06 17:46:20
Q:
[图片]
老师，是这样吗，好了不少，但是个别地方O-O之间还有连接，有办法消掉吗？还是只能手动一个一个删除了？
A:
调节distance cutoff
Q:
[图片]
调小之后，好多Ti-O也断开了，我是想着Ti-O连接，而O-O断开，能分开设置distance cutoff吗？
A:
那你就设两个representation，分别定义
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2016.06.06 18:00:15
Q:
def2-tzvp 对La 元素用的赝势是sdd的赝势吗？
A:
def2对La根本没定义
Q:
有啊
在emsl里面有的
[图片]
A:
以为你说La系
Q:
这个赝势是stuggart的吗
A:
和SDD一对比赝势部分就知道了
def2的赝势都是stuttgart的赝势，但和SDD的不同
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2016.06.06 18:02:19
Q:
[图片]想请教一下，表格里的密度、本征值等数据是从Multiwfn中输出的么
A:
是
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2016.06.06 18:05:23
Q:
老师，我想请教一下，我在linux系统运行g_mmpbsa，但是报错说没有numpy和scipy插件，这个问题怎么解决呢？？？
A:
py的事你at liyuanhe
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2016.06.06 18:12:02
Q:
您说的
[图片]
是指这样吗
[图片]
但是钛没法选择啊，我输入titanium或Ti都不对@Sobereva
A:
element Ti
直接写元素名当然不认
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2016.06.06 18:14:51
Q:
[图片] 请问gromacs的.gro文件中6个坐标是什么意思 manual中没解释/流汗
[图片] 请问gromacs的.gro文件中6个坐标是什么意思 manual中没解释[表情]
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3451
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2016.06.06 18:29:48
Q:
请问一下stuttgart 赝势基组的网址是什么？
A:
在线基组和赝势数据库一览
http://sobereva.com/309
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2016.06.06 18:35:59
Q:
群主，请问如果我用了严格的收敛限优化，比如opt=vtight，最后threshold的位移和力都很小，能量变化predict可能达到10^-12~-13量级。这需要将scfcon精度也升上去吗，这样是不是很可能造成scf不收敛呢？谢谢~
A:
一般SCF收敛限不用提升，默认的够严了。如果要求极为精确就提升到9或10
Q:
我一直不清楚那么严格收敛标准的用途何在，能介绍下让我学习吗？
A:
需要收敛到9、10那么精确的情况一般是通过有限差分来算高阶能量导数的情况，以此降低数值噪音
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2016.06.06 18:38:32
Q:
[图片]这个SEG是什么意思？
A:
片段收缩
Q:
这个和ANO比哪个靠谱？
A:
没可比性
Q:
没可比性？
A:
全电子基组和赝势比what？
而且ANO高度广义收缩，慢得吐血，几乎没实用性
Q:
我说错了，是[图片]
A:
SEG够用了
Q:
哦
一般经验来讲ECP28和ECP46哪个对La更准确，计算红外频率
A:
原理上显然小核准确
Q:
这里的SEG是4-zeta？
A:
不会那么高
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2016.06.06 18:39:19
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
只能说有可能能用来研究，但到底能不能，需要各方面信息十分充分才行
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2016.06.06 18:46:19
Q:
老师，请问我优化一个抗生素分子，要用静电势去拟合resp电荷，分子带一个负电荷，这是我的条件：%nprocshared=2
%mem=1GB
%chk=D:\G09W\cfx.chk
# opt hf/6-31g(d) scf=qc pop=mk iop(6/33=2,6/42=6,6/50=1)
lig
-1 1
都24个小时了，还是不能收敛，请问该如何解决呢
A:
甭用qc，这里批过
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
阴离子要加弥散，6-31G*不够
弄清楚是什么不收敛，结构还是scf
Q:
[图片]这是我终止的 .chk文件，好像结构不对了，羧基上的一个O和另外一个有成键的趋势
老师您好，您给我个条件吧，我是外行，
老师，那应该怎么做呢
A:
# B3LYP/6-31G* opt
之后你再用HF/6-31+G*和那些iop pop=mk算个单点得到resp拟合需要的信息
Q:
# B3LYP/6-31G* opt
老师，这个完了会得到一个优化后的pdb文件吗？谢谢老师
老师，还有一个问题，我的有些分子是质子化的，带一个正电荷，也是用这个方案吗？@Sobereva
A:
是
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2016.06.06 19:01:11
Q:
请问，我优化了中间体的结构，可是优化的结果与初始构型相差太多了，是因为这个结构就不存在吗？
A:
至少实际的中间体结构和你预想的结构差异很大
Q:
说明，我推断的结构有问题是吗？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.06.06 19:01:11
Q:
计算出来的紫外吸收光谱最大吸收比实验值少30nm，让我如何是好啊？老师
A:
差异不算大。
[图片]
Q:
M06-2x稍微好些
A:
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
Q:
[图片]这样一个结构，实验溶剂是甲苯
SOB有什么好的建议？我正在考虑[图片]这个问题
A:
这种大共轭显然M06-2X会好
若高估了激发能就降低HF成份，考虑用BMK、PBE38之类
Q:
恩，这是泛函了，那么基组呢？您有什么好的建议吗
A:
6-31G*就够了，如果想提升点就用6-311G*
Q:
还有，对应于溶剂化……
A:
SMD就行
Q:
晓得你的意思，还有问题就是，您的所谓的方法和基组，优化和激发都用相同的水平吗？
A:
基态优化对你这体系B3LYP/6-31G*足够了，激发能对级别明显更敏感
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2016.06.06 19:13:31
Q:
老师，0K 下的焓的意思是需要设定一下在0K下计算的意思吗
A:
你做振动分析直接就得到0K的，就是电子能量加ZPE
复习讲义热力学部分
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2016.06.06 19:17:42
Q:
老师，现在有一个苯环和一个水分子体系的复合物，Gaussview怎么来量C2轴和C6轴的角度，以及水分子中的H到苯环平面的距离呢
A:
[图片]
照图做然后量一下
轴的夹角问题算出轴的矢量，然后这么算：
a·b=|a||b|cosθ 其中θ是a,b向量夹角
Q:
距离的问题，假如氢原子不一定在苯环的质心上的话，怎么测点到面的距离呢；轴的角度，轴的矢量我不知道怎么算，能不能解释一下，非常感谢
A:
两个点确定一个矢量，看高中数学书吧
Q:
噢，明白了，您的意思是自己取点自己算
A:
恩，都是基本立体解析几何的问题
Q:
老师，如果氢原子的垂直投影不一定在苯环的质心上的话，怎么测点到面的距离呢，也需要自己取点自己算吗？
[图片]
平面外一点(x,y,z)到平面(Ax+By+Cz+D=0)上的距离
哦，其实我想问的是Gaussview里有没有更为直接的方法。谢谢老师
[图片]
A:
[图片]
以前的人用高斯用纸带打孔都不嫌麻烦...
相应的函数在multiwfn代码包的util.f90
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2016.06.06 19:21:10
Q:
[图片]sob老师，我的计算结果是比实验值蓝移，您这个说法是不是反了？
A:
说法没反
反之亦然，低估就增加HF成份
Q:
蓝移就是高估吧？
如果发现自己用的泛函相对于实验值有蓝移（红移）趋势，那么可以选个HF成份更小（更大）的泛函再试。
A:
说错了，要降低
Q:
恩，谢谢您
A:
蓝移=高估
Q:
对啊，应该用HF比例小的，对吧
A:
y
Q:
[表情]
/强
A:
M062X已经很高了，极少会有M062X还低估的情况
Q:
那您明示下，我这种情况，比较普遍的泛函应该用那个？
A:
wB97XD、CAM-B3LYP、PBE38都可以试试
Q:
wB97XD、CAM-B3LYP这两个我都试过了，总的来说结果还是比试验蓝移30nm左右/难过
wB97XD、CAM-B3LYP这两个我都试过了，总的来说结果还是比试验蓝移30nm左右[表情]
A:
那PBE38、BMK很有戏
Q:
谢谢老师，再请教一个问题，算单一液体分子的吸收发射光谱，需要考虑溶剂模型吗
A:
需
Q:
基台：
#p b3lyp/6-31g(d) opt freq scrf=(read,solvent=C6H5CH3)
激发态：
#p PBE38/6-31g(d,p) TD=(Nstates=50) scrf=(read,solvent=C6H5CH3)
[图片]
A:
PBE38需要IOp来设定
read啥？
激发态给氢用加极化没用，不会对激发有贡献
Q:
PBE38没用过，所以才来请教您，优化已经结束了，PBE38的激发态还没做，所以先来问问，省的出错
read了一个RADII=UAHF，比知道是否合适
A:
完全多余，直接scrf(SMD,solvent=toluene)
Q:
/胜利
[表情]
A:
PBE38对应于PBEPBE IOp(3/76=1000003750) IOp(3/77=0625006250)
Q:
SMD和PCM对我的体系有什么区别？可否说说
A:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
Q:
[图片]这个真没用过，我要学学，谢谢您！
PBEPBE IOp(3/76=1000003750) IOp(3/77=0625006250)
输入就这样写？是吗
我先算着，慢慢学
A:
PBEPBE/6-31G* IOp(3/76=1000003750) IOp(3/77=0625006250) TD=Nstates=50 scrf(SMD,solvent=toluene)
Q:
谢谢！6-31G*换成6-311G*是否必要？
A:
算得动就升，定性不变，定量有点改进
Q:
大家好，初涉高斯计算，能否请教一个问题？就是用高斯不同泛函来计算吸收发射光谱，然后与实验做对比，得到的结果有什么意义，或者说一种泛函算出的结果比较好，从中可以得到什么？电子分布？能级跃迁？
A:
可以得到更多细节信息，比如电子怎么转移、涉及哪些轨道跃迁、跃迁特征（对n->pi*等类型指认）等
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2016.06.06 19:55:43
Q:
各位老师：弱相互作用的强度的可视化，除了RDG结合VMD做，还有别的方法吗
我的体系用RDG结合VMD做，效果比不出来
不知道是否还有别的方法，或者我的体系差别较小就显示不出来
A:
如果颜色差异小，就做AIM分析考察bcp属性，或者把两个体系散点图叠加到一起来定量比较
Q:
Sob老师：您有这方面的博文吗？
A:
其它可视化的方法还有Hirshfeld surface分析，看Multiwfn手册4.12.5节例子
Q:
我得从头学[表情]
我得从头学/害羞
A:
这有什么好写的
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2016.06.06 20:00:08
Q:
请问sob老师，如何确定反应物或者产物与过渡态各个振动之间的对应关系？比如有反应A+B->TS->C+D，现在需要在TS的众多振动模式中找到反应物A的某一个振动所对应的振动，应该怎么找？感觉分子多了完全看不出类似性，很难找出。请老师指导[表情]
A:
结构变化大之后本身就是很难找到，或者不可能找到振动模式的对应关系，此时振动模式已经很大程度混合了。
可以用dushin试试，不行就没辙了
使用Dushin分解重组能和计算Huang-Rhys因子
http://sobereva.com/330
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2016.06.06 20:02:11
Q:
请问甲基旋转的虚频能消吗？
A:
能啊
Q:
读入精确的hessian也消不掉
确认没用GD3BJ
哎呦用了
A:
[图片]
Q:
又一个。。。
换成GD3，G09 D的bug
A:
GD3BJ导致虚频也快成周经了
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2016.06.06 20:51:38
Q:
各位老师：DFT优化结构与频率计算，结合QCISD（T）或者CCSD（T）计算单点能；与采用热力学组合方法；有没有这两类方法计算精度与耗时的相对比较？
打错了，-25 kcal/mol，-20 kcal/mol
/aini [图片]
m062x也行呀
A:
直接上CCSD(T)就完了
其它一堆方法都白算
单点
CCSD(T)哪优化得动
只要你用CCSD(T)用的不是比cc-pVTZ小的基组，就甭管DFT。恰好和实验对得好纯属巧合
CCSD算得动就一定要用CCSD(T)
Q:
cc-pVQZ基组
就差那 5 kcal/mol，实验上的结论是高压下产物为端碳加成中间体，低压下主产物为夺氢产物。而根据校正后的能量（ -20 kcal/mol），结论就是不管高压还是低压，主产物都是夺氢产物
原来计算过异丁烯醛和Cl原子的反应体系，无论是m062x，还是用QCISD校正后的能量，端碳加成中间体的相对能量都是-25kcal/mol左右，
但是不知道为什么换成丙烯醛和Cl原子就不行了
QCISD（T）校正后
反复懒得打(T)说明并没有意识到加了个(T)逼格提升了多少
，看来您对QCISD（T）有较深的见解，能帮我分析一下这个问题吗？谢谢
A:
+1
和6-31G*写成6-31G一样
没什么好分析的，CCSD(T)/cc-pVQZ足够当金标准，非说和实验结果不一样那是你对其它方面考虑不周
而且“校正”这个词用的完全错误
Q:
refine
A:
QCISD（T）大势已去，现在大家都知道CCSD(T)比之更鲁棒
以前热力学组合方法里用QCISD(T)的后来纷纷改成CCSD(T)
效仿这文献没意思，开壳层用微扰明显不如耦合簇鲁棒
给DFT用dunning相关一致性基组也很不可取
--------Markdown Markdown--------
不好比，DFT、基组选择以及热力学组合方法的选择任意性太大
只需要认为选择自己计算量能接受的热力学组合方法就是最好的
搞热力学组合方法的人考虑得比前一种做法更周到，还牵扯到拟合参数和额外的各种修正
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2016.06.06 20:51:38
Q:
[图片],文献上的PMP4方法计算单点能，是直接输入MP4 吗？
PMP4什么鬼？
鬼是什么意思
。。。
[图片]
蛤蛤蛤
文献上说的，我不明白，所以问问
怎么你就出来鬼了
。。。
代沟了。。
[图片]
那PMP4应该取哪个值？
我给的关键词是MP4/cc-pvqz
计算pmp4该怎么输入关键词？取哪个能量值呀
A:
[图片]
Q:
[图片]
该取哪一行呀？
s+1，还是其他？
A:
一样
Q:
后面3行一样
不取第一行？
A:
后面的投影得更干净，有后面的当然用后面的
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2016.06.06 21:01:03
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
用其它的，比如B2GP-PLYP也挺好
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2016.06.06 21:01:03
Q:
什么时候开讲习班啊，我看看有时间去的话要去学习下
A:
7月中下旬再开一次
Q:
是什么？量化的还是波函数的？
A:
基础量化
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2016.06.06 21:27:38
Q:
我用linux下的gaussian做计算，然后有一个gjf我提交了发现少写了一个指令，但是已经运行了，我如何把它终断？
A:
top，按k然后输入进程编号
----------------------------------------------------
2016.06.06 22:24:42
Q:
变分过渡态有没有什么书讲的比较详细，想看看？
A:
Reviews in Computational Chemistry, Volume 23第三章
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2016.06.06 22:31:44
Q:
请教老师们，我用gaussianview准备输入文件，分子的自旋多重度是软件自动赋予？还是要人为指定，我发现改变电荷值自旋多重度也会发生变化
A:
人为指定
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2016.06.06 22:38:36
Q:
#p opt=calcall freq b3lyp/6-311+g(d,p) scrf=(cpcm,solvent=water) empir
icaldispersion=gd3bj
用这个进行优化，结果显示 Convergence criterion not met.
PCMQM: There is more than one cavity, setting IComp=0.
Error on total polarization charges = 0.03625
SCF Done: E(RB3LYP) = -760.655502219 A.U. after 129 cycles
NFock=128 Conv=0.25D-02 -V/T= 2.0092
KE= 7.536857042936D+02 PE=-2.938152992983D+03 EE= 8.532574434092D+02
Convergence failure -- run terminated.
请问是哪错了？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
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2016.06.06 22:42:35
Q:
[图片]
帮人算个东西，Spin density 如此接近0是否可以说明它实际上不是一个自旋极化单重态？
A:
可以算一下U和R的能量差
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2016.06.06 22:58:51
Q:
能不能同时出。out和。log文件
A:
二者一码事
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2016.06.06 22:58:57
Q:
Energy and exergy analysis of simple solid-oxide fuel-cell power systems
求文献谢谢
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
----------------------------------------------------
2016.06.06 23:12:32
Q:
请问怎么区分高斯软件是ABCD哪个版本，看哪里的呢？
A:
[图片]
Q:
对啊，谢谢。那D后面的.01是子版本还是什么？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.06.06 23:17:14
Q:
叔胺和酚氧基的给电子能力怎么算啊
算电子云密度可以吗
A:
liyuanhe看了要怒了
Q:
电子密度其实是个黑箱子
真正有用的信息还是要看其它指标……
其他指标是什么啊？老师
A:
可以算pEDA之类DOI：10.1002/poc.1530
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2016.06.06 23:23:00
Q:
对了，请问老师，现在高斯09多少钱一个呀？
A:
官网有报价
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2016.06.06 23:58:07
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
mpw1k，mpwb1k这样的破泛函没必要算
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2016.06.07 00:52:59
Q:
弱弱问一句，蛋白质与小分子作用是疏水基团与疏水基团相互吸引作用，亲水基团与亲水基团相互吸引作用吗？
A:
这样作用是最理想的
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