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标题: 求助：CATIONIC DUMMY ATOM处理zn离子的具体步骤是什么呢？ [打印本页]

作者
Author: 团团团子zzz 时间: 2023-2-19 11:05
标题: 求助：CATIONIC DUMMY ATOM处理zn离子的具体步骤是什么呢？
本帖最后由团团团子zzz 于 2023-2-23 19:15 编辑

想处理一个4配位的zn离子，分别是三个CYS和一个HIS.要用ff14sb的力场，用gromacs进行模拟。
在这个网址上看到了相关的参数Zinc Protein Simulations Using the Cationic Dummy Atom (CaDA) Method - Mayo Clinic Research
里面提到用ambertools处理，由于个人不太了解amber，尝试未果。不知道这个操作是否可以手动一步步处理:
将上述参数中的bonded type,angle type,dihedral type的参数输入到ffbonded.itp中
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不知道单位是否一致，这样做是否合理。
另外，还需要在atomtype中加入原子类型，网址中给了his的原子类型对应的charge以及zn的参数，可是在atomtype中，各个原子类型是对应所有残基，如何只改对应于CYS.HIS的原子类型呢？
如果不能这么操作，求助具体该怎么操作，请各位老师学友指教。

作者
Author: yolo-bike 时间: 2023-11-17 10:14
[NAMD]求助，跟楼主相关的，模拟含锌蛋白，请问怎么拟合参数文件

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