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标题: 求助gamess能量分解输入文件的格式 [打印本页]

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Author: 小靖靖 时间: 2023-2-19 16:17
标题: 求助gamess能量分解输入文件的格式
各位老师们，求gamess能量分解输入文件的格式？这个输入文件怎么写呢？我自己研究了很久，跟别人的输入文件都差不多，但是依旧报错，请各位大神指点一二。(下面是我的输入文件和输出文件)

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Author: paramecium86 时间: 2023-2-19 18:35
其它的有没有问题我还没仔细看。但是这个提示是说单体的自旋多重度有问题。然后如果你仔细检查你的分子。你会发现序号是有问题的。从结构来看这是想算NH3和另外一边的相互作用能。你的输入文件规定了前17个原子是一部分，后4个原子是另一个部分。但是标号上看你把NH3中的三个H 和苯环上的一个C划归到一起算一个部分。这样是不太对的。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-2-19 19:23
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-2-19 19:25 编辑

正如楼上所说，片段划分有误。这里再提供一个（半）自动化的解决方式：
假设你想算NH3分子与另一分子的相互作用，假设整体、各个片段都是中性、单重态，我们可以写一个高斯gjf文件，例如

%mem=96GB
%nprocshared=48
#p PBE1PBE/def2TZVP guess(fragment=2)
{gks}
0 1 0 1 0 1
Au(fragment=1) 1.227507 -0.041997 -0.177736
Cl(fragment=1) 3.468304 -0.104939 -0.282979
Cl(fragment=1) 1.238822 2.250429 -0.413570
Cl(fragment=1) 1.127197 -2.331590 -0.020063
N(fragment=1) -0.781970 0.003860 -0.125454
C(fragment=1) -1.924631 0.010735 -0.085329
C(fragment=1) -3.340901 0.012064 -0.037098
C(fragment=1) -4.028352 1.227008 -0.059921
C(fragment=1) -5.409994 1.215155 -0.013355
C(fragment=1) -5.403892 -1.196618 0.076301
C(fragment=1) -4.022193 -1.204842 0.031049
H(fragment=1) -3.477344 2.157851 -0.114332
H(fragment=1) -5.955525 2.150673 -0.030665
H(fragment=1) -5.944497 -2.133686 0.128647
H(fragment=1) -3.465859 -2.134011 0.047142
C(fragment=1) -6.094371 0.008357 0.054260
H(fragment=1) -7.177589 0.006936 0.089716
N(fragment=2) 1.605746 0.555276 2.640226
H(fragment=2) 2.536451 0.154978 2.628834
H(fragment=2) 1.707482 1.556720 2.525434
H(fragment=2) 1.199892 0.376894 3.549897

复制代码

提交给frag_guess_wfn小程序，即

frag_guess_wfn AuCl3-H-NH3-shi1.gjf >AuCl3-H-NH3-shi1.out 2>&1 &

复制代码

耗时仅3 min，自动生成AuCl3-H-NH3-shi1.inp文件，内含坐标、基组数据、GKS-EDA关键词、分子轨道等大量信息。啥也不用改，提交给xeda，即

xeda AuCl3-H-NH3-shi1.inp 00 48 >AuCl3-H-NH3-shi1.gms 2>&1 &

复制代码

耗时仅2.5 min。整个过程比去网上抄模板、手写输入文件、整理各种关键词、不断试错要快N倍。frag_guess_wfn小程序开源、免费，见MOKIT。更多能量分解示例见在线手册。

作者
Author: 小靖靖 时间: 2023-2-19 19:43

paramecium86 发表于 2023-2-19 18:35
其它的有没有问题我还没仔细看。但是这个提示是说单体的自旋多重度有问题。然后如果你仔细检查你的分子。你 ...

好的，谢谢老师指点，我再好好改一下

作者
Author: 小靖靖 时间: 2023-2-19 19:44

zjxitcc 发表于 2023-2-19 19:23
正如楼上所说，片段划分有误。这里再提供一个（半）自动化的解决方式：
假设你想算NH3分子与另一分子的相 ...

好的，谢谢老师，我学习一下，学会了这个就更方便啦

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-20 02:40
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “新手求指点-GAMESS” 改了，以后务必注意

作者
Author: 小靖靖 时间: 2023-2-20 08:18

sobereva 发表于 2023-2-20 02:40
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题清楚、准确反 ...

好的，老师，下次绝不犯错

作者
Author: 小靖靖 时间: 2023-2-20 15:28

zjxitcc 发表于 2023-2-19 19:23
正如楼上所说，片段划分有误。这里再提供一个（半）自动化的解决方式：
假设你想算NH3分子与另一分子的相 ...

老师，辛苦您指点一下，这个程序(frag_guess_wfn 0怎么下载呀？怎么使用呀？有教程吗？谢谢老师

作者
Author: 小靖靖 时间: 2023-2-20 15:38

paramecium86 发表于 2023-2-19 18:35
其它的有没有问题我还没仔细看。但是这个提示是说单体的自旋多重度有问题。然后如果你仔细检查你的分子。你 ...

老师。您好，按照您说的，我把序号改过来，算成功了，但是我接着算别的分子的时候，又报错了，辛苦您可以在帮我看看哪里出错了嘛？是不是Au比较特殊呀？ (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-2-20 15:43

小靖靖发表于 2023-2-20 15:28
老师，辛苦您指点一下，这个程序(frag_guess_wfn 0怎么下载呀？怎么使用呀？有教程吗？谢谢老师

你没仔细看回复吧，我在3L里的回复有超链接

作者
Author: 小靖靖 时间: 2023-2-20 15:52

zjxitcc 发表于 2023-2-20 15:43
你没仔细看回复吧，我在3L里的回复有超链接

老师，仔细看了，看懂了如何编辑高斯的输入文件，但是不会使用那个小程序

作者
Author: snljty2 时间: 2023-2-20 15:58

小靖靖发表于 2023-2-20 15:52
老师，仔细看了，看懂了如何编辑高斯的输入文件，但是不会使用那个小程序

认真看最后一句。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-2-20 16:40

小靖靖发表于 2023-2-20 15:52
老师，仔细看了，看懂了如何编辑高斯的输入文件，但是不会使用那个小程序

你还是没仔细看，建议再反复阅读3遍。但凡你点进了超链接，你就会发现
中文说明https://gitlab.com/jxzou/mokit/-/blob/master/README_zh.md
在线手册https://jeanwsr.gitlab.io/mokit-doc-mdbook

作者
Author: paramecium86 时间: 2023-2-20 17:49

小靖靖发表于 2023-2-20 15:38
老师。您好，按照您说的，我把序号改过来，算成功了，但是我接着算别的分子的时候，又报错了，辛苦您可以 ...

仔细检查输入文件。你的坐标里有个C原子给的7.0的原子序数

作者
Author: 小靖靖 时间: 2023-2-20 19:42

paramecium86 发表于 2023-2-20 17:49
仔细检查输入文件。你的坐标里有个C原子给的7.0的原子序数

十分感谢大神，我会注意的

作者
Author: 小靖靖 时间: 2023-2-20 19:43

snljty2 发表于 2023-2-20 15:58
认真看最后一句。

好的，谢谢啦

作者
Author: 小靖靖 时间: 2023-2-20 19:51

zjxitcc 发表于 2023-2-20 16:40
你还是没仔细看，建议再反复阅读3遍。但凡你点进了超链接，你就会发现
中文说明https://gitlab.com/jxzo ...

收到收到，谢谢大神

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)

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