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标题: 进行完nvt和npt模拟后的蛋白-小分子配体结合位置与分子对接结果不符合怎么办 [打印本页]

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Author: s2023 时间: 2023-2-19 20:24
标题: 进行完nvt和npt模拟后的蛋白-小分子配体结合位置与分子对接结果不符合怎么办
我在做蛋白与配体的对接，用对接软件进行了对接，然后将蛋白和配体坐标分离，进行gromacs模拟。请问各位老师在进行完nvt和npt模拟后，对.gro文件用pymol打开，发现结合位置与分子对接结果不符合怎么办，分子对接的是小分子在蛋白里面（结合口袋使用COACH预测），而两个gro文件显示小分子在蛋白外面。我还有必要进行后续的模拟吗？如果有必要的话，是进行100ns的模拟吗？那结果应该怎么分析？谢谢各位老师

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2023-2-19 20:54
具体的文件，猜不出来你想说啥，看轨迹是怎么出去的

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-20 02:44
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632（http://bbs.keinsci.com/thread-27434-1-1.html）

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