计算化学公社

标题: 求助：gmx_MMPBSA运行报错：tleap failed when querying _GMXMMPBSA_leap.in. [打印本页]

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Author: charmm36 时间: 2023-2-19 21:33
标题: 求助：gmx_MMPBSA运行报错：tleap failed when querying _GMXMMPBSA_leap.in.

   各位老师和前辈，麻烦帮我看看，我用gmx_MMPBSA工具通过MM/GBSA法计算蛋白和配体间的结合自由能，出现如下报错（详见log文件）：

[DEBUG  ]  (no restraints)
[DEBUG  ] Checking Unit.
[DEBUG  ]
[DEBUG  ] /home/twg/miniconda3/envs/AmberTools22/bin/teLeap: Warning!
[DEBUG  ] The unperturbed charge of the unit (7.000000) is not zero.
[DEBUG  ] FATAL:  Atom .R<CVAL 311>.A<OT2 19> does not have a type.
[DEBUG  ] FATAL:  Atom .R<CVAL 311>.A<OT1 18> does not have a type.
[DEBUG  ]
[DEBUG  ] /home/twg/miniconda3/envs/AmberTools22/bin/teLeap: Fatal Error!
[DEBUG  ] Failed to generate parameters
[DEBUG  ]
[DEBUG  ] Exiting LEaP: Errors = 1; Warnings = 5; Notes = 1.
[ERROR  ] MMPBSA_Error /home/twg/miniconda3/envs/AmberTools22/bin/tleap failed when querying _GMXMMPBSA_leap.in.

  咨询软件作者，回复“please, define the topology with the -cp topol.top flag”，不太明白他的意思，麻烦大家指点指点。

作者
Author: casea 时间: 2023-2-20 08:43
查看gmx_MMPBSA输入命令就可以知道，-cp 是添加系统topol。也就是你在输入gmx_MMPBSA运算命令中加入`-cp topol.top`

作者
Author: charmm36 时间: 2023-2-20 09:34

casea 发表于 2023-2-20 08:43
查看gmx_MMPBSA输入命令就可以知道，-cp 是添加系统topol。也就是你在输入gmx_MMPBSA运算命令中加入`-cp to ...

原来是这个意思，谢谢谢谢！不过，我纳闷为啥我的计算要加入-cp topol.top，而官网examples的命令里没加这个

作者
Author: casea 时间: 2023-2-20 16:03

charmm36 发表于 2023-2-20 09:34
原来是这个意思，谢谢谢谢！不过，我纳闷为啥我的计算要加入-cp topol.top，而官网examples的命令里没加 ...

因为gmxmmpbsa会先生成amber格式的top，如果你提供的gmx文件中包含非标准残基或者原子命名不符合amber的力场格式就会报错。（这样解释不一定对

作者
Author: charmm36 时间: 2023-2-20 20:59

casea 发表于 2023-2-20 16:03
因为gmxmmpbsa会先生成amber格式的top，如果你提供的gmx文件中包含非标准残基或者原子命名不符合amber的 ...

嗯嗯，受教了，谢谢！另外，请教一下，gmx_MMPBSA做能量拆解分析时，gmx_MMPBSA_ana的窗口中能量拆解的结果有两种，TDC和SDC, 这两个啥意思（什么的简写）? 到底该选择哪个？找了好多地方，没找到答案。望指教一下！

作者
Author: casea 时间: 2023-2-21 08:11

charmm36 发表于 2023-2-20 20:59
嗯嗯，受教了，谢谢！另外，请教一下，gmx_MMPBSA做能量拆解分析时，gmx_MMPBSA_ana的窗口中能量拆解的结 ...

https://valdes-tresanco-ms.githu ... #decomposition-data

作者
Author: charmm36 时间: 2023-2-21 10:07

casea 发表于 2023-2-21 08:11
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/api/?h=sdc#decomposition-data

哇塞，谢谢谢谢！

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