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标题: 请教如何在模拟磷脂膜时让磷脂分子绕轴转动 [打印本页]

作者
Author: awein 时间: 2023-2-20 11:20
标题: 请教如何在模拟磷脂膜时让磷脂分子绕轴转动
我在建模磷脂膜并观察磷脂的一些特性，理论上讲磷脂分子应该是在快速绕轴转动的，但是我观察了轨迹动画、绘制了旋转自相关，发现磷脂分子并没有在转动，请问老师这是什么原因，该如何解决？
我的总时长是650ns，并且添加了钠离子和氯离子，以下是我的mdp文件：
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作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-20 12:03
温度再提高几十K看看。如果转了，说明之前温度不够、动能不足。也不排除是考察方式有问题。考察磷脂自身旋转不在于跑的时间长，而在于保存轨迹的时间间隔要足够小

作者
Author: awein 时间: 2023-2-22 13:03

sobereva 发表于 2023-2-20 12:03
温度再提高几十K看看。如果转了，说明之前温度不够、动能不足。也不排除是考察方式有问题。考察磷脂自身旋 ...

我把温度提高到了333k，但是还是没有观察到磷脂旋转，请问老师还有其他的可能吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-23 04:00

awein 发表于 2023-2-22 13:03
我把温度提高到了333k，但是还是没有观察到磷脂旋转，请问老师还有其他的可能吗

算算扩散系数，如果当前的膜中的磷脂都能扩散运动，没理由连转都转不动，转又不需要克服多高的势垒

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