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标题: 关于蛋白质配体模拟时添加restraint的问题 [打印本页]

作者
Author: peng 时间: 2023-2-20 17:45
标题: 关于蛋白质配体模拟时添加restraint的问题
各位老师好，我想研究蛋白质和一个配体的模拟。这个配体是一个单体的四聚体，有98个原子，分子较大。我想先按照一篇文献来做，那篇文献先对蛋白质和配体进行了分子对接，再对对接结果进行MD模拟，那篇文章提到因为对整个复合物进行模拟难度很大，因此添加了restraint

原文是这么说的：
“我们保持四聚体与蛋白质结合位点（I 至 IV）在从分子对接获得的的笛卡尔坐标上使用 150 kcal/mol/Å 2的约束力”“需要强调的是，在整个 MD 模拟过程中，约束力还增加了复合物的构象稳定性，避免了所研究结构之间相互作用的损失，以及对结合自由能值的误解“
我想问各位老师这篇文献这么做是合理的吗，
它所说的添加约束力就是给配体的itp文件各个原子加上150kcal/mol/Å2的约束力吗，
还是给蛋白质和配体之间有相互作用的原子添加呢？
这又该如何体现在itp文件呢？

作者
Author: casea 时间: 2023-2-20 19:26
http://sobereva.com/10

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-21 02:54
restraint=限制，不是约束（constraint）

描述上看加的是笛卡尔坐标的位置限制势。
对于目的是避免小分子在模拟初期跑走，给关键性残基的原子和配体原子间加一些距离限制势也是可以的。

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