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标题: 求助：gromacs在设有freeze的情况下跑NPzT报错的问题 [打印本页]

作者
Author: 13607155646 时间: 2023-2-20 19:40
标题: 求助：gromacs在设有freeze的情况下跑NPzT报错的问题
本帖最后由 13607155646 于 2023-2-20 19:50 编辑

各位老师好，我想做一个锂离子电池正极固液界面的模拟。液相体系是是EC,DEC，PF6+，Li+，PVDF，固相是磷酸铁锂，这是参照一篇文献来做的：整体的过程中，磷酸铁锂是被freeze住的，温度耦合和压力耦合分别是采用的Nose-Hoover和PR。（文献中采用的是lammps）在一开始进行能量最小化和NVT的时候都很正常，但是文献里紧接着做了一步NPzT，于是我在压力耦合中设置了

Pcoupl                = Parrinello-Rahman
pcoupltype       = semiisotropic
tau_p                   = 2.0
compressibility       = 0 4.5e-5
ref_p                   = 0 1.0
refcoord-scaling  = com

但是无论怎么调整，都会有lincs-warning，我尝试了一些方法：排除载体磷酸铁锂之间的作用力energygrp-excl（我磷酸铁锂的bonded中压根没写键参数，感觉这个体系中不需要考虑磷酸铁锂的键参数，所以这个选项好像也没啥用），把PR换成berendsen（这个只会报错更快）。
之前在其他的帖子中sob老师说过，gromacs中在设置了freeze的情况下去进行压力耦合很容易报错，
不知道有没有小伙伴做过这种类似的体系，真心求助！！！
(, 下载次数 Times of downloads: 13) 这是文献中packmol之后的初始构型（不是上下各一层，只有一层固体，上面的是周期性边界）

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-21 03:00
改用位置限制势代替freeze

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