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标题: 请问gromacs可以不加配体只跑空蛋白作为对照组吗 [打印本页]

作者
Author: liyu0704 时间: 2023-2-21 00:00
标题: 请问gromacs可以不加配体只跑空蛋白作为对照组吗
本帖最后由 liyu0704 于 2023-2-27 16:41 编辑

各位老师好，我跑了一下gromacs动力学模拟，分了四个组分别是蛋白+抑制剂1、蛋白+抑制剂2、蛋白+抑制剂3、没有配体的空蛋白。
跑完20ns模拟后，导出了4个rmsd图，如下图所示：

我将没有配体的空蛋白作为对照组，将加有抑制剂1、2、3作为配体的三组作为实验组。
分析发现加了抑制剂的体系相较于无配体的空蛋白组，其rmsd值更低，说明构象变化小。
证明抑制剂与该蛋白具有较好的结合效果。
请问这样将空蛋白作为对照组的方法是否可行？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-21 03:10
可以说明配体的存在令蛋白质的刚性变得更强
也可以计算不同残基各自的RMSD以更具体考察配体对不同区域柔性的影响

作者
Author: 2535882172 时间: 2023-2-21 18:17
你这个蛋白纵坐标是nm？

作者
Author: 夏一天 时间: 2023-2-21 21:08
空蛋白怎么这么大的rmsd？起始就将近5nm？

作者
Author: q11pet28abl21 时间: 2023-2-22 08:43
用的是预测的结构吗？loop区多，所以RMSD初始这么大？

作者
Author: liyu0704 时间: 2023-2-27 16:48
跟团队里的老师询问了一下发现是蛋白导出的时候选错体系了，所以初始rmsd会很高，已进行更正。

作者
Author: pangpang 时间: 2023-7-3 15:45
你好，可以发我一下跑空蛋白的文件和流程吗？

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