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标题: 请问用Gromacs做蛋白与小分子之间的作用机理，怎么计算蛋白β-strand的概率？ [打印本页]

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2023-2-21 09:50
标题: 请问用Gromacs做蛋白与小分子之间的作用机理，怎么计算蛋白β-strand的概率？
请教各位老师一个问题，本人现用Gromacs做小分子与蛋白之间的动力学模拟，使用DSSP脚本可以计算出蛋白二级结构（包括coil，β-sheet，β-bridge，bend，turn和α-Helix等）的概率，但是没法计算β-strand的概率，请问怎么计算蛋白β-strand的概率？十分感谢您的回答！

作者
Author: 2535882172 时间: 2023-2-21 18:16
xvg文件放到excel手动计算

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-22 04:15
弄清楚β-sheet和β-strand关系就明白了
https://en.wikipedia.org/wiki/Beta_sheet

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2023-2-22 10:25

2535882172 发表于 2023-2-21 18:16
xvg文件放到excel手动计算

请问老师具体的算法是怎样的呢？我从xvg文件只能算出β-sheet的概率，如下图，用某个时间点的圆圈内数值除以蛋白总氨基酸数（即下划横线包含的数值相加）

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2023-2-22 10:29

sobereva 发表于 2023-2-22 04:15
弄清楚β-sheet和β-strand关系就明白了
https://en.wikipedia.org/wiki/Beta_sheet

那不同β-strand length的概率怎么计算呢，麻烦sob大佬指点下！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-23 03:58

jiaxing6821 发表于 2023-2-22 10:29
那不同β-strand length的概率怎么计算呢，麻烦sob大佬指点下！

β-strand length就是所有残基都被归属为beta-sheet的那一段的残基数，DSSP或者VMD自带的stride都可以给你各个残基所属二级结构。自己写个程序，计算每一帧里各个β-strand length，做个概率统计就出来了

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2023-2-25 09:21

sobereva 发表于 2023-2-23 03:58
β-strand length就是所有残基都被归属为beta-sheet的那一段的残基数，DSSP或者VMD自带的stride都可以给 ...

谢谢sob老师！

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