标题: 求助：动力学模拟能量极小化步骤出现如图所示报错，请问该如何解决？ [打印本页] 作者Author: 马天湉 时间: 2023-2-21 12:59 标题: 求助：动力学模拟能量极小化步骤出现如图所示报错，请问该如何解决？ 报错内容：There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type
consisting of 25 atoms. The longest distance involved in such interactions is
5.407 nm which is above half the box length. Either you have excessively large
distances between atoms in bonded interactions or your system is exploding.
我自己的理解是可能盒子设置的太大了 但是改小尺寸后依然出现同样的错误。
作者Author: elvisng 时间: 2023-2-21 20:52
你是不是有分子在盒子的邊緣出了盒子的範圍? 作者Author: sobereva 时间: 2023-2-22 04:19
跟盒子太大毫无关系
暗示模拟可能跑崩了，照着检查 http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8作者Author: 马天湉 时间: 2023-2-22 14:17