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标题: 使用伞形采样模拟中，用gmx wham计算PMF得到反应坐标和总窗口的距离不一致 [打印本页]

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Author: thor 时间: 2023-2-22 15:40
标题: 使用伞形采样模拟中，用gmx wham计算PMF得到反应坐标和总窗口的距离不一致
我的想使用伞形采样做的是一个CH4分子通过石墨烯孔的自由能，我总共设置了30个窗口，每个窗口间隔0.1nm，计算得到的PMF感觉不对，这个反应坐标距离是少了吗?为什么不是3nm呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 18)

伞形采样部分代码如图所示
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得到PMF如下
(, 下载次数 Times of downloads: 22)

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