计算化学公社

标题: 求助：基于结构文件傻瓜式一键调用Gaussian和Multiwfn计算RESP2电荷出错 [打印本页]

作者
Author: 小柏桐 时间: 2023-2-22 15:48
标题: 求助：基于结构文件傻瓜式一键调用Gaussian和Multiwfn计算RESP2电荷出错
出错了，好像没生成gau.chg, 想问怎么解决？

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作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-23 04:12
一看permission denied的提示就知道没给Multiwfn可执行文件增加可执行权限

作者
Author: 小柏桐 时间: 2023-2-23 10:41
本帖最后由小柏桐于 2023-2-23 11:06 编辑

sobereva 发表于 2023-2-23 04:12
一看permission denied的提示就知道没给Multiwfn可执行文件

作者
Author: 牧生 时间: 2023-2-23 11:24
我一般只用到chmod +x 就足够了。

作者
Author: 小柏桐 时间: 2023-2-23 15:08

牧生发表于 2023-2-23 11:24
我一般只用到chmod +x 就足够了。

弄成功了，谢谢老师们

作者
Author: 小柏桐 时间: 2023-2-23 15:12

sobereva 发表于 2023-2-23 04:12
一看permission denied的提示就知道没给Multiwfn可执行文件增加可执行权限

谢谢老师，确实没有给Multiwfn 增加可执行权限，只把RESP2.sh增加了执行权限，已经解决。

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-4-27 20:59
您好想请教一下，就是调用RESP得到了电荷之后，这个电荷应该怎么来使用呢？我先用sobtop对NADP产生了拓扑文件，然后掉了RESP计算电荷，现在我遇到的问题是，当上述完成之后，这个计算得到的电荷应该怎么使用呢，谢谢

作者
Author: 牧生 时间: 2023-4-28 08:15

ShineZhu 发表于 2023-4-27 20:59
您好想请教一下，就是调用RESP得到了电荷之后，这个电荷应该怎么来使用呢？我先用sobtop对NADP产生了拓扑文 ...

看标红的字体

============================== Sobtop ==============================
-2 Set scale factor for derived force constants, current: Default
-1 Select method for deriving rigid parameters: m2Seminario
0 Exit program
1 Generate GROMACS topology file
2 Generate GROMACS .gro file
3 Generate GROMACS .rtp file
4 Generate .gjf file (for visualizing connectivity in GaussView)
5 Derive rigid parameter for specific bond/angle/dihedral
6 Derive rigid parameters for all bonds, angles and dihedrals
7 Assign atomic charges
10 Other functions
7
Note: It is best to use Multiwfn to derive RESP or RESP2(0.5) atomic charges based on high-quality electronic wavefunction produced by quantum chemistry calculation, and then manually fill the atomic charges to corresponding column under [ atoms ] field of the generated .itp file. However, for convenience consideration, the present interface of Sobtop provides you a crude but very quick way to assign atomic charges for *neutral organic systems* simply based on geometry and connectivity, the derived atoms charges will finally be written to [ atoms ] field

------------------------- Assign atomic charges -------------------------
0 Return
1 Assign EEM atomic charges via Multiwfn
2 Assign Gasteiger atomic charges via Multiwfn
5 Assign MMFF94 atomic charges via OpenBabel
9 Manually define atomic charge for specific atoms
10 Load atomic charges from .chg file of Multiwfn
11 Export current atomic charges to .chg file

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-4-28 08:44

牧生发表于 2023-4-28 08:15
看标红的字体

感谢

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-4-28 08:53

牧生发表于 2023-4-28 08:15
看标红的字体

您好打扰再请教个问题，就是，我是通过pbs提交的RESP.sh作业，输出的结果只有gau.out gau.chk gau.gjf 请问10选项中指的.chg格式文件是我输出的gau.out文件吗。

作者
Author: 牧生 时间: 2023-4-28 09:15

ShineZhu 发表于 2023-4-28 08:53
您好打扰再请教个问题，就是，我是通过pbs提交的RESP.sh作业，输出的结果只有gau.out gau.chk gau.gjf ...

RESP.sh正常结束后，会得到XX.chg文件的。如果没有这个chg文件，那大概率就是不对的

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-4-28 10:00

牧生发表于 2023-4-28 09:15
RESP.sh正常结束后，会得到XX.chg文件的。如果没有这个chg文件，那大概率就是不对的

但是在gau.out文件中会有以下结果，这是拟合好的原子电荷吗

作者
Author: 牧生 时间: 2023-4-28 11:40
本帖最后由牧生于 2023-4-28 11:43 编辑

ShineZhu 发表于 2023-4-28 10:00
但是在gau.out文件中会有以下结果，这是拟合好的原子电荷吗

你看一下，这三列数字，像不像xyz坐标系里面的数值？

chg文件有四列，前三列是原子的坐标，第四列是该原子的电荷

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-4-30 10:21
本帖最后由 ShineZhu 于 2023-4-30 13:07 编辑

牧生发表于 2023-4-28 11:40
你看一下，这三列数字，像不像xyz坐标系里面的数值？

chg文件有四列，前三列是原子的坐标，第四列是该 ...

好的，谢谢。现在问题已经解决了，十分感谢您。

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