计算化学公社

标题: 求助：无溶剂跑npt分子没有聚集怎么处理 [打印本页]

作者
Author: tsgyls 时间: 2023-2-22 20:14
标题: 求助：无溶剂跑npt分子没有聚集怎么处理
想在无溶剂的情况下跑npt让盒子自动收缩到成膜的大小，但是试了几次都没有成功，分子都特别散（总共70个分子），换了另一种分子也是如此，请大家帮忙看看是不是我文件的参数设置有问题npt的mdp文件
integrator             = md
dt                      = 0.002
nsteps                = 100000

nstxout                = 500
nstvout                = 500
nstfout                = 500
nstenergy             = 500
nstlog                = 500

cutoff-scheme          = Verlet
nstlist                = 20
rlist                   = 1.0

coulombtype             = PME
pme_order             = 4
fourierspacing          = 0.16
rcoulomb                = 1.0
vdwtype                = Cut-off
rvdw                   = 1.0

Tcoupl                = v-rescale
tc-grps                = system
tau_t                   = 0.1
ref_t                   = 300

DispCorr                = EnerPres

Pcoupl                = berendsen
Pcoupltype             = isotropic
tau_p                   = 2.0
ref_p                   = 1.0
compressibility       = 4.5e-5
refcoord_scaling       = com

gen_vel                = no

constraints             = h-bonds
continuation          = no
constraint_algorithm    = lincs
lincs_iter             = 1
lincs_order             = 4

跑完后的样子

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-23 04:20
那么大真空区，明显不适合用EnerPres
把压浴的时间常数设小，免得盒子减小得太慢
加大范德华作用的cutoff和rlist，否则离得太远的原子都没有色散吸引
初始结构能建得多紧凑就多紧凑，达到平衡所需的时间会少得多，还能令计算速度快得多

作者
Author: 牧生 时间: 2023-2-23 08:36
做过类似的，讲点小经验。
你这个看起来像是gromos的联合原子力场，这不如GAFF全原子力场好。
就算NPT跑下来，我估计也不会只会得到一团较小的无规聚集体，并不会形成“膜的大小”。

作者
Author: tsgyls 时间: 2023-2-23 10:27

sobereva 发表于 2023-2-23 04:20
那么大真空区，明显不适合用EnerPres
把压浴的时间常数设小，免得盒子减小得太慢
加大范德华作用的cutoff ...

我是用随机插入分子的方式构建的，插入的个数满了就算是紧凑了吗

作者
Author: tsgyls 时间: 2023-2-23 10:32

牧生发表于 2023-2-23 08:36
做过类似的，讲点小经验。
你这个看起来像是gromos的联合原子力场，这不如GAFF全原子力场好。
就算NPT跑 ...

谢谢，我用的力场是GAFF，那该如何跑成膜呢，用semiisotropic可以吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-24 06:39

tsgyls 发表于 2023-2-23 10:32
谢谢，我用的力场是GAFF，那该如何跑成膜呢，用semiisotropic可以吗

这种体系本来也不会自发形成膜。要想成为膜，要么结构特征有自发成为膜的趋势，要么需要施加外部作用

作者
Author: tsgyls 时间: 2023-2-24 10:38
本帖最后由 tsgyls 于 2023-2-24 17:44 编辑

sobereva 发表于 2023-2-24 06:39
这种体系本来也不会自发形成膜。要想成为膜，要么结构特征有自发成为膜的趋势，要么需要施加外部作用

谢谢社长的解答。
想要成膜是因为实验中他们就用该分子，通过甩膜机制成了膜；我设置了一个巨大的真空区解决了不能成团的问题，想知道这个做法合理吗；
此外，社长您之前说说初始结构能建得多紧凑就多紧凑，我是用随机插入的方式直到插满盒子为止，还有比这更紧凑的方式吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-25 03:42

tsgyls 发表于 2023-2-24 10:38
谢谢社长的解答。
想要成膜是因为实验中他们就用该分子，通过甩膜机制成了膜；我设置了一个巨大的真空区 ...

能成团，但不能成膜

不知道你怎么插的。如果用的gmx insert-molecules，改用packmol能插得更满。明显盒子里还有很大的真空区，packmol不可能插不进去

作者
Author: 牧生 时间: 2023-2-25 11:00

tsgyls 发表于 2023-2-24 10:38
谢谢社长的解答。
想要成膜是因为实验中他们就用该分子，通过甩膜机制成了膜；我设置了一个巨大的真空区 ...

既然他们通过甩膜机制成了膜，那么，模拟时就应该施加外力，你就不能用模拟让它“自发”形成膜。

在gmx中，最接近你想要的功能就是deform。用deform的话，盒子可以被挤压成砖头状的一个扁平状的薄片，如果再继续挤压，可能因为截断距离的原因，gmx会报错。自己多尝试改截断，或者别的一些参数，原则上能实现你想要的。

你也可以在盒子左右放入金属块，中间放你的分子，然后pull两端的金属块，实现挤压。但这相当于在一个密闭的筒内挤压，中间的分子会被压成致密的薄片，并不一定会形成“膜”。也有可能pull到一定程度，原子间的力太大，gmx会报错。

作者
Author: tsgyls 时间: 2023-2-25 11:50
本帖最后由 tsgyls 于 2023-2-25 21:45 编辑

sobereva 发表于 2023-2-25 03:42
能成团，但不能成膜

不知道你怎么插的。如果用的gmx insert-molecules，改用packmol能插得更满。明显 ...

明白了，谢谢社长。我用packmol试了一下，发现还不如insert-molecules，可能对于这类分子不太好用

作者
Author: tsgyls 时间: 2023-2-25 11:59

牧生发表于 2023-2-25 11:00
既然他们通过甩膜机制成了膜，那么，模拟时就应该施加外力，你就不能用模拟让它“自发”形成膜。

在gm ...

感谢您的解答。
我还有一个问题，跑md最终是想看分子和分子间的ππ堆积，参考的文献里用了300个分子（原子大概在60），我分子的原子数在230左右，这个分子的数量设置多少比较好，可以不用塞这么多吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-26 03:09

tsgyls 发表于 2023-2-25 11:50
明白了，谢谢社长。我用packmol试了一下，发现还不如insert-molecules，可能对于这类分子不太好用[/backc ...

不存在packmol不如insert-molecules好用的情况，只可能自己用得不对
肉眼都能看出来那么大的真空区packmol还塞不进去额外数目的分子就怪了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-26 03:11

tsgyls 发表于 2023-2-25 11:59
感谢您的解答。
我还有一个问题，跑md最终是想看分子和分子间的ππ堆积，参考的文献里用了300个分子（ ...

变得充分致密之后，如果分子数不够，对应的盒子就太小，可能都不满足cutoff大于盒子最短边长的一半的强制要求。即便满足此要求，如果盒子太小，计算出的一些性质也不合理。

作者
Author: tsgyls 时间: 2023-2-26 20:37
本帖最后由 tsgyls 于 2023-2-26 21:41 编辑

sobereva 发表于 2023-2-26 03:09
不存在packmol不如insert-molecules好用的情况，只可能自己用得不对
肉眼都能看出来那么大的真空区packm ...

我通过vmd也看到盒子内还有很多真空区，但是packmol就是塞不进，循环几百次都不行的那种
会不会是我的分子太柔性了（有四个长的柔性链，原子个数273）
packmol关键词用的是社长您之前的例子
tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
output 200_box.pdb
structure 200.pdb
number 200
inside cube 0. 0. 0. 140.
end structure
社长您看这里有什么问题吗至于您说的分子太少使得盒子太小，大概估计了一下，200个分子，致密后盒子的边长可能在8-10纳米左右，没有特别小吧

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-27 04:04

tsgyls 发表于 2023-2-26 20:37
我通过vmd也看到盒子内还有很多真空区，但是packmol就是塞不进，循环几百次都不行的那种
会不会是我的分 ...

packmol不考虑分子内部结构变化，跟柔性没直接关系

作者
Author: tsgyls 时间: 2023-2-27 14:50

sobereva 发表于 2023-2-27 04:04
packmol不考虑分子内部结构变化，跟柔性没直接关系

社长您说得对，之前分子堆积后会有重叠，改大tolerance就不会了

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