计算化学公社

标题: 求助MS与Multiwfn计算多孔材料自由体积的差异 [打印本页]

作者
Author: heyman1022 时间: 2023-2-22 22:33
标题: 求助MS与Multiwfn计算多孔材料自由体积的差异
我是做多孔材料COF的，现在将同一个cif分别导入MS和Multiwfn中进行自由体积计算时遇到问题。
其中，在Multiwfn上计算时，参照社长《使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域》http://sobereva.com/539）一文，得到以下结果
Volume of entire box: 4103.066 Angstrom^3
Free volume: 1524.037 Angstrom^3, corresponding to 37.14 % of whole space

在MS上计算时，参照Tools-Atom Volumes & Surface，设置好grid resolution和 connoly radius后计算得到如下结果。
(, 下载次数 Times of downloads: 10) (, 下载次数 Times of downloads: 9)
总体积一样，但是自由体积差距很大，这是什么原因呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-23 04:48
不同程序对表面的定义不同，正如分子体积有不同定义（《谈谈分子体积的计算》http://sobereva.com/102）

Multiwfn里的定义在博文里已经体现得很清楚了，而且还可以直接可视化观看便于理解定义方式

M$用的具体定义看help，特别是搞清楚Connolly surface的定义，并且理解Connolly radius的含义

作者
Author: heyman1022 时间: 2023-2-23 10:37

sobereva 发表于 2023-2-23 04:48
不同程序对表面的定义不同，正如分子体积有不同定义（《谈谈分子体积的计算》http://sobereva.com/102）

...

非常感谢社长的回复。

我仔细去看了《谈谈分子体积的计算》http://sobereva.com/102，并重新计算了一下。当我将MS 的connolly radius调整为0.001时，所得自由体积与multiwfn计算结果接近，那我是否可以理解为在参数设置方面connolly radius与multiwfn的默认电子密度等效？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-24 06:37

heyman1022 发表于 2023-2-23 10:37
非常感谢社长的回复。

我仔细去看了《谈谈分子体积的计算》http://sobereva.com/102，并重新计算了一 ...

不等效

Multiwfn算自由体积用的是范德华球叠加的范德华表面确定哪些是占据哪些是非占据区域。connolly surface相当设一个原子球在这种范德华表面滚动时球的中心的轨迹对应的表面，显然球的半径为0时，connolly surface就和前面那种范德华表面是等价的。

作者
Author: heyman1022 时间: 2023-2-24 09:48

sobereva 发表于 2023-2-24 06:37
不等效

Multiwfn算自由体积用的是范德华球叠加的范德华表面确定哪些是占据哪些是非占据区域。connolly ...

明白了，再次感谢社长。

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