计算化学公社

标题: 求助rdf曲线的波动和收敛的问题 [打印本页]

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Author: sxh3231796 时间: 2023-2-23 01:32
标题: 求助rdf曲线的波动和收敛的问题
请问一下各位老师，建立了一个含有Zn离子和两种混合溶剂的5*5*5的溶剂盒子，做完分子模拟后得到的rdf曲线不是尖锐的峰并且在2nm以内的范围还有较大的波动，没有收敛到1.出现这种情况是正常的吗？是不是不能直接计算分子和分子间的rdf，应该选择分子中特定的配位原子计算呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-23 04:39
什么峰型和具体体系、计算的对象有关，没法一概而论。要从体系特征（也结合轨迹图考察）、计算设置、rdf计算原理上理解结果

明显已经往1收敛了，再增加统计距离自然就会基本精确收敛到1

“分子和分子间”没有确切定义。也不存在没法计算，诸如GROMACS里可以计算质心之间、几何中心之间的rdf等等

作者
Author: sxh3231796 时间: 2023-2-23 15:57

sobereva 发表于 2023-2-23 04:39
什么峰型和具体体系、计算的对象有关，没法一概而论。要从体系特征（也结合轨迹图考察）、计算设置、rdf计 ...

谢谢sob老师，还想请问您一下，如果设置的rdf曲线是计算针对Zn和resname ACN的话，他是会默认计算的是质心间的距离还是最近原子的距离啊？如果是最近原子的话，要怎么设置计算质心位置的距离呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-24 05:54

sxh3231796 发表于 2023-2-23 15:57
谢谢sob老师，还想请问您一下，如果设置的rdf曲线是计算针对Zn和resname ACN的话，他是会默认计算的是质 ...

是Zn与ACN各个原子间的结果取平均

参考我的GROMACS培训班里的例子

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作者
Author: sxh3231796 时间: 2023-2-24 19:33

sobereva 发表于 2023-2-24 05:54
是Zn与ACN各个原子间的结果取平均

参考我的GROMACS培训班里的例子

谢谢sob老师

作者
Author: sxh3231796 时间: 2023-6-25 19:51

sobereva 发表于 2023-2-24 05:54
是Zn与ACN各个原子间的结果取平均

参考我的GROMACS培训班里的例子

想在问一下sob老师，在计算溶剂盒子的md模拟时，算出来的rdf曲线所有有机分子到Zn离子的距离都大于0.6nm,这种结果是合理的吗？我附上了我的top文件，请问是计算的设定有什么问题吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-26 04:06

sxh3231796 发表于 2023-6-25 19:51
想在问一下sob老师，在计算溶剂盒子的md模拟时，算出来的rdf曲线所有有机分子到Zn离子的距离都大于0.6nm, ...

取决于你怎么统计的
参数合理的话，Zn到有机分与之最近的原子间距离到不了6埃的程度，如果是与小分子质心间的距离倒是正常

作者
Author: sxh3231796 时间: 2023-6-26 14:58

sobereva 发表于 2023-6-26 04:06
取决于你怎么统计的
参数合理的话，Zn到有机分与之最近的原子间距离到不了6埃的程度，如果是与小分子质 ...

统计的确实是到小分子质心的距离，但是计算最近的原子也有5埃左右差不多，想问下有可能是分子数量填充太少了的原因吗？我是按照0.5mol/L的密度配比填进5*5*5的盒子里，需要把盒子填满吗？在盒子里已经包含有机溶剂分子的情况下还需要设定其他的溶剂化效应的参数吗?

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-26 21:54

sxh3231796 发表于 2023-6-26 14:58
统计的确实是到小分子质心的距离，但是计算最近的原子也有5埃左右差不多，想问下有可能是分子数量填充太 ...

做NPT就没必要管初始密度。如果你是指构成盒子的比例，设成和实际研究的对象一致。

作者
Author: sxh3231796 时间: 2023-7-2 19:45

sobereva 发表于 2023-6-26 21:54
做NPT就没必要管初始密度。如果你是指构成盒子的比例，设成和实际研究的对象一致。

想再麻烦问下sob老师，用oplss/aa力场计算，更改参数得到的结果还是距离在5-6埃左右，但是换了GAFF力场在做计算就变成很标准的2埃配位，请问要怎么解释这种结果啊？是Zn---tms 和乙腈的溶剂体系

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-3 01:32

sxh3231796 发表于 2023-7-2 19:45
想再麻烦问下sob老师，用oplss/aa力场计算，更改参数得到的结果还是距离在5-6埃左右，但是换了GAFF力场在 ...

用GAFF就完了，我没看出有任何理由非得用OPLS-AA。更何况GAFF还兼容Merz的单原子离子力场参数，里面还有专门给重现好配位数而优化的LJ参数。

作者
Author: sxh3231796 时间: 2023-7-3 14:58

sobereva 发表于 2023-7-3 01:32
用GAFF就完了，我没看出有任何理由非得用OPLS-AA。更何况GAFF还兼容Merz的单原子离子力场参数，里面还有 ...

谢谢sob老师，因为之前给过合作方opls/aa的结果，有什么可以解释为什么算出来结果会差距这么大的理论支持吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-4 02:41

sxh3231796 发表于 2023-7-3 14:58
谢谢sob老师，因为之前给过合作方opls/aa的结果，有什么可以解释为什么算出来结果会差距这么大的理论支持 ...

着重对比金属离子的LJ参数

作者
Author: sxh3231796 时间: 2023-7-4 14:55

sobereva 发表于 2023-7-4 02:41
着重对比金属离子的LJ参数

好的好的，谢谢sob老师

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