计算化学公社

标题: ORCA与Gaussian做带电有机分子的OPT+FREQ问题求助 [打印本页]

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2023-2-23 09:27
标题: ORCA与Gaussian做带电有机分子的OPT+FREQ问题求助
如题。
本人菜鸟一枚，之前一直使用Gaussian做有机小分子的计算，但是最近由于体系的原因（原子数太多），Gaussian计算实在太慢，所以想转而使用ORCA。
看过前辈之前发的ORCA和Gaussian的泛函和基组对照，最近做的课题涉及到带电体系（有机羧酸上的氢解离），
想知道这种有机酸带电的体系一般用什么泛函和基组比较好呢？
B3LYP/def2TZVP em=GD3BJ够用么?

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-23 09:41
说具体体系的化学组成、计算条件，仔细看此文，特别是Q11
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2023-2-23 12:10
本帖最后由社会主义小战士于 2023-2-23 12:17 编辑

sobereva 发表于 2023-2-23 09:41
说具体体系的化学组成、计算条件，仔细看此文，特别是Q11
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得 ...

感谢社长！
这个体系的化学组成包括C、Si、O、H、S这些元素，分子上含有6个羧基，想做这个分子的结构优化、振动频率，用来拟合参数跑MD。计算资源组里现在的QC机器是36物理核72逻辑核心

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-2-23 16:09

社会主义小战士发表于 2023-2-23 05:10
感谢社长！
这个体系的化学组成包括C、Si、O、H、S这些元素，分子上含有6个羧基，想做这个分子的结构优 ...

这个分子有多少原子？有特别大的共轭体系（类似卟啉那么大的）吗？有不常见的成键方式吗？有单电子吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-24 05:55

社会主义小战士发表于 2023-2-23 12:10
感谢社长！
这个体系的化学组成包括C、Si、O、H、S这些元素，分子上含有6个羧基，想做这个分子的结构优 ...

我回复里提到的帖子里的Q11里都明确说了必须得说清楚总原子数，光说羧基数和元素有什么用，又不是完全决定答案的信息

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2023-2-24 10:35

sobereva 发表于 2023-2-24 05:55
我回复里提到的帖子里的Q11里都明确说了必须得说清楚总原子数，光说羧基数和元素有什么用，又不是完全决 ...

总原子数230

作者
Author: Freeman 时间: 2023-2-24 11:02
本帖最后由 Freeman 于 2023-2-24 11:07 编辑

预优化r2scan-3c，优化泛函m062x或b3lyp-d3(bj)基组def2-svpd或ma-def2-svp（最好只给明显带电的部位加弥散）。内存用满。跑一个点约15-20min，频率约9hr。如果接受不了这个时长的话，就直接用r2scan-3c的预优化结果得了。

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2023-2-24 17:28

Freeman 发表于 2023-2-24 11:02
预优化r2scan-3c，优化泛函m062x或b3lyp-d3(bj)基组def2-svpd或ma-def2-svp（最好只给明显带电的部位加弥散 ...

这个时间还是可以接受的，非常感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-25 03:39
opt freq用B97-3c（不是仅作为预优化。结果可以直接用。比r2SCAN-3c便宜，而且出虚频的可能性更低，质量通常也足够好）。作为预优化，可以用GFN2-xTB

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