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标题: 有关AIMD中MTD的一些困惑，profile信息和轨迹不匹配 [打印本页]

作者
Author: exity 时间: 2023-2-23 10:19
标题: 有关AIMD中MTD的一些困惑，profile信息和轨迹不匹配

已解决!

原因是ORCA从0开始计数，CV弄错了。

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各位论坛前辈好，我最近在使用ORCA中的AIMD的MTD方法对一个团簇体系进行研究，使用了一个CV，定义是原子13-17的键长

具体MTD定义参数如下

Manage_Colvar Define 1 Distance Atom 13 Atom 17

Metadynamics Colvar 1 Scale 1.0_A Wall Lower 0.5 50.0 Upper 5.0 50.0Range 0.0 5.0 100

Metadynamics HillSpawn 10 0.5 0.5 Store 1000

同时也设置了每一步都写入轨迹，参数如下

dump position stride 1 format xyz filename

随着AIMD的计算推进，工作文件夹中出现了一个“***-colvars.csv”文件，使用excel打开作图如下：

(, 下载次数 Times of downloads: 8)

该文件显示第150步时，CV长度为6 Å 左右。

奇怪的是，我用VMD打开我的轨迹文件，对CV的键长进行绘图，显然轨迹文件显示该化学键还处于平衡位置的振动状态，第150步时键长约为1.45 Å左右。

(, 下载次数 Times of downloads: 9)

而且，对“***-metadynamics_profile_0001000.csv”进行作图，发现已经出现了CV=5 Å时的自由能。

(, 下载次数 Times of downloads: 8)

这让我很困惑，明明轨迹显示CV还在振动，CV长度还没有到5 A左右（到了5 A早就断键了），那么这些自由能的数据是怎么来的？

希望各位大佬不吝赐教，先行谢过。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-2-23 20:56
如果自行解决了，最好写一下是怎么解决的，这样别人遇到类似问题翻到了这个帖子不需要再问你

作者
Author: exity 时间: 2023-2-23 21:40

wzkchem5 发表于 2023-2-23 20:56
如果自行解决了，最好写一下是怎么解决的，这样别人遇到类似问题翻到了这个帖子不需要再问你

解决方案是ORCA不会数数，我也不会 T_T

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