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标题: 求助，做蛋白质-配体复合物的限制性动力学时出现报错，称找不到配体的位置限制wen'... [打印本页]

作者
Author: qingqingdong 时间: 2023-2-23 14:46
标题: 求助，做蛋白质-配体复合物的限制性动力学时出现报错，称找不到配体的位置限制wen'...
各位老师，我在做蛋白质-配体的相互作用，其中在限制性动力学过程中出现报错（如图），我的配体的.itp和.top文件是在sobtop中生成的，其中配体的.itp文件中的[atomtypes]部分挪到了ffnonbonded.itp中，且"#ifdef POSRES#include "posre_btn1.itp
#endif"也插入到btn2.itp末尾
请问为什么会出现如图报错呢

作者
Author: confidence 时间: 2023-2-23 15:51
你topol文件中itp的顺序与molecules中物质的顺序保持一致试试看？

作者
Author: qingqingdong 时间: 2023-2-23 18:39

confidence 发表于 2023-2-23 15:51
你topol文件中itp的顺序与molecules中物质的顺序保持一致试试看？

仍然报错

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-24 05:59
itp文件没找到，显然检查路径问题
如果那个itp没放在当前目录下，就放到当前目录下，或者include时候用绝对路径。如果本来就用不着位置限制，不include也可以

作者
Author: qingqingdong 时间: 2023-2-24 10:27
本帖最后由 qingqingdong 于 2023-2-24 10:28 编辑

sobereva 发表于 2023-2-24 05:59
itp文件没找到，显然检查路径问题
如果那个itp没放在当前目录下，就放到当前目录下，或者include时候用绝 ...

E:\S\Complex\b-a\P-Ligand
这些文件都是放在一个文件夹里的

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