计算化学公社

标题: 关于saveamberparm保存格式的问题 [打印本页]

作者
Author: 溪临昭煌 时间: 2023-2-23 17:24
标题: 关于saveamberparm保存格式的问题
各位老师好，我在使用tleap构建蛋白体系的时候最后保存参数使用的指令为：saveamberparm pdb 1.prmtop 1.inpcrd，但是使用vmd打开时发现成键情况乱七八糟的，而且会有很长的诡异成键。但是如果使用saveamberparm 1.parm7 1.rst7的话，用vmd打开则成键正常。而且prmtop和inpcrd在后续的模拟中非常容易崩溃，但是用parm7和rst7就不会报错，请问各位老师这是什么原因呢？以及该如何解决？（prmtop和parm7都用的amber7Parm导入，inpcrd和rst7都用的amber coordinates with PBC）parm7+rst7（一切正常）

(, 下载次数 Times of downloads: 21)

prmtop+inpcrd（出现这种乱键）
(, 下载次数 Times of downloads: 20) (, 下载次数 Times of downloads: 23)

附上四个文件，希望各位老师不吝赐教，谢谢！

(, 下载次数 Times of downloads: 0)

(, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0)

(, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0)

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)