计算化学公社

标题: 加抗衡电荷后体系电荷仍然不是零问题求助 [打印本页]

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-2-23 19:12
标题: 加抗衡电荷后体系电荷仍然不是零问题求助
社长好，我在利用蛋白Gromos54a7力场+ATB生成的小分子拓扑文件进行复合物的模拟，在添加完抗衡电荷后发现体系电荷仍不是零，是非整数，因此出现了如图的警告，之前用AMBER力场没出现过这个问题，想问下社长，这个问题需要管吗，会不会对模拟结果带来什么不好的影响，应该怎么解决呢。
(, 下载次数 Times of downloads: 10)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-24 05:46
必须解决
检查每类分子中原子电荷的加和，搞清楚什么导致不为整数

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-2-24 19:09

sobereva 发表于 2023-2-24 05:46
必须解决
检查每类分子中原子电荷的加和，搞清楚什么导致不为整数

感谢社长的指导，问题已解决，还有一个小问题想问下社长。除了ATB网站得到的基于Gromos力场小分子的拓扑文件参数外，还有其他途径通过上传pdb/mol2文件就得到拓扑文件的途径吗。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-25 03:44

uenh1998 发表于 2023-2-24 19:09
感谢社长的指导，问题已解决，还有一个小问题想问下社长。除了ATB网站得到的基于Gromos力场小分 ...

几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

其中强烈建议用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）。除非死活非要用CHARMM/GROMOS/OPLS-AA力场，否则没有什么不用sobtop的理由

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-2-25 09:53

sobereva 发表于 2023-2-25 03:44
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428- ...

因为牵扯到膜蛋白，所以是用的gromos力场，但是ATB官网上的itp文件参数不太合理，单独跑都会跑散。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-26 03:07

uenh1998 发表于 2023-2-25 09:53
因为牵扯到膜蛋白，所以是用的gromos力场，但是ATB官网上的itp文件参数不太合理，单独跑都会跑散。

算膜蛋白跟GROMOS有什么必然联系？
GAFF描述小分子+AMBER描述蛋白质+Slipid/Lipid等兼容AMBER的磷脂力场，跑得完美极了

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-2-26 23:49

sobereva 发表于 2023-2-26 03:07
算膜蛋白跟GROMOS有什么必然联系？
GAFF描述小分子+AMBER描述蛋白质+Slipid/Lipid等兼容AMBER的磷脂力场 ...

      感谢社长，根据老师的指导，我从Slipid 网站上下载了DPPC的膜itp 和预平衡好的pdb文件，今天已经建好了复合物的模型，蛋白力场用AMBER14SB OL15 配体用GAFF。 (, 下载次数 Times of downloads: 9) (, 下载次数 Times of downloads: 10)
   但是当利用gmx运行将蛋白嵌入膜的过程时，出现了这个问题： (, 下载次数 Times of downloads: 9)
   问题描述是NTL原子类型无法找到，于是查看下载的itp文件： (, 下载次数 Times of downloads: 9)
   既然Slipid兼容AMBER力场，按理说下载下来的膜itp文件应该没问题。这个情况应该怎么处理呢？是一步步对照OL15力场的参数文件一个一个修改吗。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-27 04:07

uenh1998 发表于 2023-2-26 23:49
感谢社长，根据老师的指导，我从Slipid 网站上下载了DPPC的膜itp 和预平衡好的pdb文件，今天已 ...

力场包里的ffnonbonded.itp里有NTL的定义

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-2-28 19:06

sobereva 发表于 2023-2-27 04:07
力场包里的ffnonbonded.itp里有NTL的定义

感谢社长的指导，我把Slipid的itp相关参数复制到OL15力场包ffnonbonded.itp里面进行膜蛋白模拟，到插入膜前一切正常，插入膜时出现了settle的错误，按培训资料处理，增大rad。如图，增大到rad0.54时正常插膜模拟。想问下社长这个rad是不是有点太大了呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-1 15:38

uenh1998 发表于 2023-2-28 19:06
感谢社长的指导，我把Slipid的itp相关参数复制到OL15力场包ffnonbonded.itp里面进行膜蛋白模拟，到插入膜 ...

能插进去就行，跑完NPT后自发就调节合适了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)