计算化学公社

标题: gromacs怎么做多肽-蛋白复合物分子动力学模拟 [打印本页]

作者
Author:
Little-LL    时间: 2023-2-23 20:35
标题: gromacs怎么做多肽-蛋白复合物分子动力学模拟
分子对接的多肽-蛋白复合物,怎么用gmx做该复合物的分子动力学模拟,流程和官网教程的蛋白配体复合物分子动力学模拟有什么区别呀
作者
Author:
sobereva    时间: 2023-2-24 05:48
相当于跑两个蛋白质而已
不需要效仿蛋白质+配体的教程或者我讲的GROMACS培训班里的“蛋白质-配体复合物的模拟”部分的流程,因为都不需要给小肽用sobtop等程序创建拓扑文件,直接用pdb2gmx就行了。但要注意小肽的原子名必须符合IUPAC的标准定义,不符合就自己改,否则pdb2gmx没法直接处理。

作者
Author:
Little-LL    时间: 2023-2-24 10:10
谢谢呢!
还有一个问题想请教您,需要像教程里面一样构建蛋白-多肽复合物的拓扑结构吗
作者
Author:
xiejuan    时间: 2023-9-7 17:46
本帖最后由 xiejuan 于 2023-9-7 17:50 编辑

请问蛋白质-蛋白质-配体计算RMSD的时候,到130ns左右RMSD陡升又回归正常(如图),是周期性边界条件使用-center -pbc mol -ur compact,选择蛋白质,结果不行嘛?想请问1:这个-pbc mol会只选择到两条蛋白质链中的一条嘛?2:但是我看着选择的原子数目比两条蛋白质链的原子数之和都要多,正常吗?3:如果只选择了一条链,那如何选取两条链呢?怎么给两条链做index?4:有没有可能是因为电镜结构的原因呢,同样两条链-配体的,x-ray的数据就没问题。谢谢回答!
作者
Author:
Ajl    时间: 2024-2-27 00:30
sobereva 发表于 2023-2-24 05:48
相当于跑两个蛋白质而已
不需要效仿蛋白质+配体的教程或者我讲的GROMACS培训班里的“蛋白质-配体复合物的 ...

您好 老师,请问还需要按照这个步骤对配体进行限制吗http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/06_equil.html
作者
Author:
sobereva    时间: 2024-2-27 01:26
Ajl 发表于 2024-2-27 00:30
您好 老师,请问还需要按照这个步骤对配体进行限制吗http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/06_equil.h ...

一般没必要。如果发现不做限制时配体跑了之类,到时候再说
作者
Author:
刘梦琪    时间: 2025-3-31 20:11
sobereva 发表于 2023-2-24 05:48
相当于跑两个蛋白质而已
不需要效仿蛋白质+配体的教程或者我讲的GROMACS培训班里的“蛋白质-配体复合物的 ...

请问sob老师,把小分子肽UNL命名改成什么才能被pdb2gmx识别呀?
作者
Author:
sobereva    时间: 2025-4-1 00:05
刘梦琪 发表于 2025-3-31 20:11
请问sob老师,把小分子肽UNL命名改成什么才能被pdb2gmx识别呀?

残基名随便,关键是rtp里必须有对应的残基的定义




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3