计算化学公社

标题: INTERFACE力场interfaceff2gro.py脚本无法识别原子类型 [打印本页]

作者
Author: xinyanli 时间: 2023-2-23 21:57
标题: INTERFACE力场interfaceff2gro.py脚本无法识别原子类型
各位老师好。我想将interface力场用于gmx中模拟无机矿物，使用interfaceff2gro.py时候发现原子类型无法找到，不能生成gro/itp/top文件。我是事先在MS中利用pcff_interface.frc赋予每个原子对应的原子类型的，发现问题在于硅原子被赋予的是sz，而charmm27_interface_v1_5.prm力场中并没有sz而只有sc4这种类型。为什么pcff_interface.frc和charmm27_interface.prm的原子类型不相同呢？这样的话，碰到pcff_interface.frc有的原子类型而charmm27_interface.prm没有的原子类型时，就会出错呀。

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2023-2-23 22:14
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-2-23 22:17 编辑

interfaceff2gro.py仅可用于CHARMM力场，不能和PCFF混为一谈，这俩力场函数形式都不一样，CHARMM是CLASS Ⅰ，PCFF是CLASS Ⅱ。
开发者说得很明确https://github.com/kolmank/interfaceff2gro
(, 下载次数 Times of downloads: 3)

推荐看看这个http://bbs.keinsci.com/thread-14723-1-1.html

作者
Author: xinyanli 时间: 2023-2-24 08:49

Entropy.S.I 发表于 2023-2-23 22:14
interfaceff2gro.py仅可用于CHARMM力场，不能和PCFF混为一谈，这俩力场函数形式都不一样，CHARMM是CLASS Ⅰ ...

那如何才能生成charmm力场的car和mdf文件呢？charmm.prm文件没法导入MS呀

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)