计算化学公社

标题: 纳米限域流体模拟时，整体沿Z轴移动如何解决？ [打印本页]

作者
Author: sigusigu 时间: 2023-2-24 09:42
标题: 纳米限域流体模拟时，整体沿Z轴移动如何解决？
如题，在lammps中，三个方向均为周期性边界条件。体系在NVT系综下运行，伊利石壁面内除了K离子和羟基氢外，其他原子都通过rigid/nvt 命令视为刚体。但在运行时发现体系整体出现了移动，如图所示，但是想固定住壁面，只让分子体系运动，这种情况应当如何解决？

作者
Author: sigusigu 时间: 2023-2-27 15:08
目前是对伊利石壁面使用recenter命令解决了这个问题

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-2-27 22:56

sigusigu 发表于 2023-2-27 15:08
目前是对伊利石壁面使用recenter命令解决了这个问题

下面放个例子，使用谐振势做位置约束，把0<y<5以内的原子坐标约束在其初始位置
region       bottom block EDGE EDGE EDGE 5.0 EDGE EDGE
group          resgrp region bottom
fix          restraint resgrp spring/self 0.1

作者
Author: ilovelr 时间: 2023-2-27 23:01
fix momentum 也可以试一试

作者
Author: sigusigu 时间: 2023-2-28 21:45

Lacrimosa 发表于 2023-2-27 22:56
下面放个例子，使用谐振势做位置约束，把0

收到！我一会试一下这个。我还有个问题是我这种先给体系整体设置为刚体，然后给系综+限制质心位置的方法。与直接把这个壁面体系setforce 0 和velocity 0的设置有区别吗？因为查看log文件时发现即使给壁面设置NVT系综，它的温度也没有到预设温度

作者
Author: sigusigu 时间: 2023-2-28 21:49

ilovelr 发表于 2023-2-27 23:01
fix momentum 也可以试一试

收到！我试了一下确实也可以解决整体飘逸问题，请问一下fix momentum和recenter相比哪个再解决整体漂移问题上更加合理呢？

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-3-1 12:16

sigusigu 发表于 2023-2-28 21:45
收到！我一会试一下这个。我还有个问题是我这种先给体系整体设置为刚体，然后给系综+限制质心位置的方法 ...

set force 0 +velocity 0可能会出问题，在这种设置下你的矿物部分一直会是0K，对流体的部分影响也会很明显。
最好不要把矿物设为刚体，ClayFF本身是可以维持其结构的，模拟的时候对矿物用fix nvt，对流体用fix rigid/nvt，如果矿物整体发生平移就对矿物底部的几层原子施加fix spring/self

作者
Author: sigusigu 时间: 2023-3-1 17:29

Lacrimosa 发表于 2023-3-1 12:16
set force 0 +velocity 0可能会出问题，在这种设置下你的矿物部分一直会是0K，对流体的部分影响也会很明 ...

好的好的感谢，我去试一下这个办法！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)