计算化学公社

标题: 有哪些用于评估对接准确性的基准测试？ [打印本页]

作者
Author: SunRuikang 时间: 2023-2-24 13:20
标题: 有哪些用于评估对接准确性的基准测试？
我想验证某个前处理过程对于对接准确性的影响，请问有什么基准测试数据集适合用来评估分子对接的准确性？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-25 03:05
看他人benchmark文章里用的测试集
按文章名在Google学术里搜就能找到

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作者
Author: SunRuikang 时间: 2023-3-2 20:46

sobereva 发表于 2023-2-25 03:05
看他人benchmark文章里用的测试集
按文章名在Google学术里搜就能找到

谢谢sob老师！

作者
Author: SunRuikang 时间: 2023-3-2 20:53
我又扒了扒文献看到了一篇蛋白配体对接跑分文章以飨后来者：
Best Practices for Constructing, Preparing, and Evaluating Protein-Ligand Binding Affinity Benchmarks
10.33011/livecoms.4.1.1497

作者
Author: SunRuikang 时间: 2023-11-27 10:07
更新：近期Nat Protocol杂志发表了 A practical guide to machine-learning scoring for structure-based virtual screening 论文，提到了using a public benchmark of a given target to evaluate an existing generic SF，供大家参考

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