计算化学公社

标题: 求助已经熟练使用lammps的学长学姐们我的情况下如何入门lammps [打印本页]

作者
Author: 高章磊 时间: 2023-2-24 15:08
标题: 求助已经熟练使用lammps的学长学姐们我的情况下如何入门lammps
尝试自学lammps一个多月了，自己也下载并学习了Linux系统和在系统里的安装了lammps。但是我们老师不给我结晶数据让我自己搞，我们用的是一个winmostar的建模工具，但是计算之前用的都是gaussian，模型也是gaussian的com文件，现在不知道怎么把这个文件导入winmostar打开。如果这条路走不通，我这个模型也很简单就是R6G的dimer，我自己建模问题也不大就是有点凭感觉，可能相对位置不对。老师什么都不给我让我用lammps自学计算结构优化，对我来说所有都从零开始挑战太大了。我该怎么办？
vmd也基本会用了，lammps的使用对我来说虽然还有难度但已经有基本的方案，就是感觉建模和lammps模拟不能统一很苦恼，总不能所有原子数据角和二面角等数据全部手写输入吧？其次就是相关的一些参数听说是要找相关的文献做follow，目前还没有找到，不过这个我觉得可以多查查资料，也许可以自己解决。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-24 16:22
用GROMACS，比LAMMPS算这中体系明显理想得多
靠sobtop产生GROMACS拓扑文件极其容易，仔细看页面里的教程http://sobereva.com/soft/Sobtop

不懂GROMACS的话，参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）一次性从头到尾全学通了，零基础的人把培训里的东西都掌握了也能成为老鸟的水准，并且知道对于自己的研究怎么基于课上讲的内容和例子去变通。网上那些坑钱的视频课我见过的太多了，普遍也就零零碎碎讲点皮毛，又没系统性又空洞，通常就是随便找几个例子比划比划，连像样的ppt一般都没有，根本学不到什么正经东西。要是真学到了点什么有用的东西也不至于问出本帖这些问题来。

作者
Author: 高章磊 时间: 2023-2-27 14:09

sobereva 发表于 2023-2-24 16:22
用GROMACS，比LAMMPS算这中体系明显理想得多
靠sobtop产生GROMACS拓扑文件极其容易，仔细看页面里的教程ht ...

感谢指点迷津，所以说目前推荐我先放下lammps的学习，转而学习gromacs对我的研究更有帮助是吗？另外我想咨询一下另一件事。因为我是本科高分子材料专业的，研究生现在在国外读的计算化学专业，我计划博士还转回我的高分子材料老本行（计算这行我根本没底子，教授又不可能真正教我，只是安排各种高斯的计算任务给我负责机械式的完成）我想利用研究生的这两年学会一门计算化学的软件，学精，并且希望他能在将来能帮助我进行高分子材料学的研究。请问您觉得gromacs适合我吗？

作者
Author: 牧生 时间: 2023-2-27 14:18

高章磊发表于 2023-2-27 14:09
感谢指点迷津，所以说目前推荐我先放下lammps的学习，转而学习gromacs对我的研究更有帮助是吗？另外我想 ...

再读一遍第二楼的回复。

科音的培训例子，只需要拿来主义，自己改改物质，改改体系大小，时间就行了。

作者
Author: 七尺贱 时间: 2023-2-27 15:30

高章磊发表于 2023-2-27 14:09
感谢指点迷津，所以说目前推荐我先放下lammps的学习，转而学习gromacs对我的研究更有帮助是吗？另外我想 ...

材料的话我觉得vasp和CP2K可能更有用吧

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-27 15:55

高章磊发表于 2023-2-27 14:09
感谢指点迷津，所以说目前推荐我先放下lammps的学习，转而学习gromacs对我的研究更有帮助是吗？另外我想 ...

GROMACS明显更适合你的当前问题，非要折腾lammps明显是在绕弯路

GROMACS做高分子的动力学用得非常普遍，这一点google学术一搜就知道。这是必学的。

GROMACS在经典力场的动力学程序里流行程度占绝对的主导地位，这点看此帖便知
2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计
http://sobereva.com/599（http://bbs.keinsci.com/thread-23482-1-1.html）

作者
Author: 高章磊 时间: 2023-3-1 13:23

牧生发表于 2023-2-27 14:18
再读一遍第二楼的回复。

科音的培训例子，只需要拿来主义，自己改改物质，改改体系大小，时间就行了。

谢谢提醒，我也是最近这一个月左右教授没有给我新的任务，让我自己学习lammps我就有点钻牛角尖了，那我就按照大家的建议先从培训班学习gromacs吧。真的谢谢你们，因为我是工科出身，学高分子材料的，之前对计算化学一窍不通，原本想着都学过四大化学应该不难入门，没想到隔行如隔山，编程啥的都没学根本连门都没入。今年开始才开始学python和lammps。

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