标题: gmx mdrun中-rdd选项是什么含义？如何设置？ [打印本页] 作者Author: DeductionV 时间: 2023-2-24 15:13 标题: gmx mdrun中-rdd选项是什么含义？如何设置？ gromacs跑md时出错Fatal error:
There is no domain decomposition for 8 ranks that is compatible with the
given box and a minimum cell size of 8.21716 nm
Change the number of ranks or mdrun option -rdd or -dds
Look in the log file for details on the domain decomposition
遇到这个问题时，通常采用减少rank数这种方式来运行 如-ntmpi 1 (-nt 1)，但给出的提示里还有另一种方法“使用-rdd或者-dds”
我出现上述错误时尝试使用 -rdd 0.5 发现模拟可以运行，但是不知道这个选项的含义具体是什么
查阅手册，里面说-rdd Can be used to set the required maximum distance for inter charge-group bonded interactions.
还想问一下，手动设置这个数值（如我设置0.5）是否对模拟的准确性有影响，gmx运行时如何自动确定这个参数？烦请各位老师同学讲解