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标题: cp2k动力学模拟数据分析部分关于配位问题求助 [打印本页]

作者
Author: 陈小北 时间: 2023-2-26 21:52
标题: cp2k动力学模拟数据分析部分关于配位问题求助
本帖最后由陈小北于 2023-2-26 21:56 编辑

Sob老师好，各位老师好

我的体系是类似Ca(OH)2的层板，在层板上每个Ca离子跟周围6个OH配位，但是因为Ca原子半径很大，所以很容易跟溶液环境中的其他离子配位，形成7配位结构
我想探究当溶液环境中存在Cl离子，OH离子，H2O分子时，Ca离子更优先跟哪种离子配位，我建的模型如图a，下面是层板，红色的圈是Cl离子，蓝色的圈是OH，橙色的圈是H2O
当2ps动力学跑完之后，模型变成了图b，同样红色的圈是Cl离子，蓝色的圈是OH，橙色的圈是H2O，可以看到基本上Cl是远离层板的，OH和H2O都跟Ca有配位情况

我的问题是，”OH和H2O更容易跟Ca配位“这个结论，有什么动力学的分析能用来解释这个结论吗，比较基础的，比如说Ca与Cl之间的距离，Ca与周围O或者Cl的RDF分析等？

谢谢各位老师

图a
(, 下载次数 Times of downloads: 7)

图b
(, 下载次数 Times of downloads: 6)

作者
Author: chands 时间: 2023-2-26 23:38
你这个说明不了什么问题啊，搞不好反应都不充分。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-27 03:20
把盒子画出来，否则没法体现周期性的特征，都不知道上头是真空还是什么

slab太薄，很容易被质疑。增厚slab，并且恰当冻结

2ps时间太短。起码多跑一个数量级时间再讨论

绿球蓝球是什么都说清楚

所有计算细节都主动交代，诸如控温、参考温度、理论方法、基组等等。懒得说就直接上传含有结构信息的输入文件，这对于答疑者来说再好不过，省得去猜、去罗列各种可能性

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