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标题: 求助如何加入离子溶液 [打印本页]

作者
Author: xuan12138 时间: 2023-2-27 10:08
标题: 求助如何加入离子溶液
我想要模拟冠醚分子在离子溶液中的络合作用，请问在模拟过程中是在添加溶剂的时候加入离子溶液，还是建立好冠醚溶液的盒子之后再加入离子。
还是有什么其他的方法呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-27 13:59
“添加溶剂的时候加入离子溶液”语义不明

如果是单原子离子，加了溶剂后用gmx genion加

作者
Author: xuan12138 时间: 2023-2-27 14:48

sobereva 发表于 2023-2-27 13:59
“添加溶剂的时候加入离子溶液”语义不明

如果是单原子离子，加了溶剂后用gmx genion加

就是添加单原子谢谢老师老师还想问一下如果想绘制金属离子络合物的pdb 比如冠醚和铯离子的配合物18c6-sr应该用什么软件绘制呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-1 15:40

xuan12138 发表于 2023-2-27 14:48
就是添加单原子谢谢老师老师还想问一下如果想绘制金属离子络合物的pdb 比如冠醚和铯离子的配合物18c6-s ...

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