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标题: MD结束后小分子配体结构发生改变 [打印本页]

作者
Author: s2023 时间: 2023-2-27 15:25
标题: MD结束后小分子配体结构发生改变
请问各位老师，我想用MD验证我的分子对接结果是否可靠，用GROMACS进行了100ns的MD模拟。之后我用pymol打开结果文件（.gro），发现小分子配体的结构发生了改变，正常应该是苯环，但是却变成了不知道什么结构。在分子对接后我需要找这个环周围的关键氨基酸残基，这个结构的变化会对我的最终结果（即验证对接是否可靠）有影响吗？同时还想问一下，如何分析MD结果，看分子对接是否可靠？
先谢过各位老师了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-28 02:09
环结构明显异常，大概率说明小分子的拓扑文件有问题。当前结果没任何意义

作者
Author: s2023 时间: 2023-7-13 20:44

sobereva 发表于 2023-2-28 02:09
环结构明显异常，大概率说明小分子的拓扑文件有问题。当前结果没任何意义

谢谢sob大大，我的小分子结构是在acpype网站上获得的，应该不会有什么问题吧

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-14 11:03

s2023 发表于 2023-7-13 20:44
谢谢sob大大，我的小分子结构是在acpype网站上获得的，应该不会有什么问题吧

自己检查拓扑文件里各个项的合理性，特别是变形区域的原子相关的项

另外，如今我都建议用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件

作者
Author: s2023 时间: 2023-7-14 14:30

sobereva 发表于 2023-7-14 11:03
自己检查拓扑文件里各个项的合理性，特别是变形区域的原子相关的项

另外，如今我都建议用sobtop（http ...

好的，谢谢sob大大

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