计算化学公社

标题: 请问gromacs跑蛋白与其抑制剂出现这样的氢键分布正常吗 [打印本页]

作者
Author: liyu0704 时间: 2023-2-27 16:47
标题: 请问gromacs跑蛋白与其抑制剂出现这样的氢键分布正常吗
各位老师好，我用gromacs跑了一个蛋白与其抑制剂的md，蛋白和配体的氢键数量如图所示，请问这样的结果正常吗？我用多酚对接时的氢键数目都比这个抑制剂的结果要密集，这是该蛋白已经明确效果用于药用的抑制剂，结果氢键数量很少。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-28 02:12
在VMD里载入轨迹，drawing method设为Hbond，将图像与上图结合分析，自然就清楚怎么回事。
记得把氢键判据设得相同（VMD判断氢键键角的用的键角定义和习俗不同）

作者
Author: 大头攒毛 时间: 2023-3-12 00:18
你好，我模拟的是p450酶和底物相互作用，现在需要转到p450酶和抑制剂相互作用，也可以用分子动力学模拟方向来研究吗？如何是不可逆抑制剂，抑制剂和活性中心血红素共价连接，是否需要把抑制剂和血红素看作是一个整体重新算一下力场，然后再进行MD?
我刚拿到这个研究方向，你能给推荐一篇相关得文献吗？
非常感谢

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