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标题: 求助：cp2k如何固定键长优化结构 [打印本页]

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Author: yyww123 时间: 2023-2-27 17:06
标题: 求助：cp2k如何固定键长优化结构
各位老师好，在用cp2k优化结构时，如何像高斯09那样固定键长做限制性优化。谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-28 01:37
没法对内坐标固定
只能在&SUBSYS里定义对应原子间距离的colvar，然后在&MOTION里对相应的colvar设置限制势，基本实现等效的效果
要么就干脆把两个原子的坐标直接冻住

作者
Author: ljh123 时间: 2024-11-17 12:41

sobereva 发表于 2023-2-28 01:37
没法对内坐标固定
只能在&SUBSYS里定义对应原子间距离的colvar，然后在&MOTION里对相应的colvar设置限制势 ...

sob老师，我在CP2K中跑AIMD时，对两个键长按您说的方法进行了限制，但是轨迹只能生成第一个点。任务没有报错，但是输出文件（.out)大小飞速增长，我打开后发现输出文件末尾全是下面这段话重复刷：
*** WARNING in constraint.F:773 :: Shake NOT converged in 1000       ***
***          iterations in the intermolecular constraint. CP2K continues ***
*** but results could be meaningless.                                  ***
请问这种情况该怎么处理呢？

作者
Author: ljh123 时间: 2024-11-17 12:44

sobereva 发表于 2023-2-28 01:37
没法对内坐标固定
只能在&SUBSYS里定义对应原子间距离的colvar，然后在&MOTION里对相应的colvar设置限制势 ...

我主要是不明白Shake not converged是指什么没有收敛呢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-18 10:12

ljh123 发表于 2024-11-17 12:44
我主要是不明白Shake not converged是指什么没有收敛呢

SHAKE算法需要迭代来让结构满足要求
避免不合理、过激的约束

作者
Author: ljh123 时间: 2024-11-18 13:04

sobereva 发表于 2024-11-18 10:12
SHAKE算法需要迭代来让结构满足要求
避免不合理、过激的约束

我好像明白了，对键长限制太多或者不合理，就会导致这个报错。。

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