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标题: 我想问下，用sobtop生成的SO42- .itp文件，O-S-O度为120度 [打印本页]

作者
Author: 小柏桐 时间: 2023-2-27 21:50
标题: 我想问下，用sobtop生成的SO42- .itp文件，O-S-O度为120度
本帖最后由小柏桐于 2023-2-28 09:37 编辑

我想问下，用sobtop生成的SO42- .itp文件，原子类型为GAFF，参数是从amber力场获取。O-S-O角度为120度，我之前用别的力场都是109度，因为硫酸根是正四面体结构，这120度参数可以用吗？

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-2-27 22:50
你既然都有itp了，直接打开itp把参数修改过来不就好了吗？120度肯定不合理呀

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-28 01:42
自觉交代清楚具体怎么产生的
sobtop又不是像ATB、acpype之类就一种产生方式

作者
Author: 小柏桐 时间: 2023-2-28 09:37

sobereva 发表于 2023-2-28 01:42
自觉交代清楚具体怎么产生的
sobtop又不是像ATB、acpype之类就一种产生方式

老师，问题已修改，写了怎样产生的

作者
Author: 小柏桐 时间: 2023-2-28 11:01

Lacrimosa 发表于 2023-2-27 22:50
你既然都有itp了，直接打开itp把参数修改过来不就好了吗？120度肯定不合理呀

那这样的话，这个产生的力常数可以用吗？单独改了角度

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-2-28 13:26

小柏桐发表于 2023-2-28 11:01
那这样的话，这个产生的力常数可以用吗？单独改了角度

键力常数对模拟的影响应该挺小的，我了解到的一些SO42-的力场中都是用固定键长，你也可以试试

作者
Author: 小柏桐 时间: 2023-2-28 17:12

Lacrimosa 发表于 2023-2-28 13:26
键力常数对模拟的影响应该挺小的，我了解到的一些SO42-的力场中都是用固定键长，你也可以试试

谢谢，我的体系对力场参数准确性要求较高，我意思是角度那块，我把生成的.itp文件单独把角度从120度改为109度，别的不变，对应的角度力常数与109度匹配嘛？

作者
Author: 小柏桐 时间: 2023-2-28 17:27
标题: 用sobtop产生硫酸根的.itp文件，发现角度部分为120度，是产生方法错了吗
产生硫酸根.itp文件时，原子类型用的GAFF（没法指认的自动用的UFF原子类型），产生力场参数用的是 -从力场库文件中选取合适参数，缺的就猜一个（此模式对于bond和angle项，对于二面角项则将旋转势垒设为0）），最终生成的.itp文件中，O-S-O角度为120度，但是硫酸根角度一般为109度，能直接改.itp文件的角度吗，把120度改为109度，别的不变，用于模拟吗？还是我产生.itp的方法错了？

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Author: sobereva 时间: 2023-2-28 17:51
要求精度就自己基于量子化学优化的结构和Hessian矩阵产生参数，完整把sobtop网页上的教程好好看一遍

作者
Author: Soul 时间: 2023-2-28 23:44

小柏桐发表于 2023-2-28 17:27
产生硫酸根.itp文件时，原子类型用的GAFF（没法指认的自动用的UFF原子类型），产生力场参数用的是 -从力场 ...

感觉你的用法可能有点问题，我这用没什么问题。

作者
Author: 小柏桐 时间: 2023-3-1 15:07

Soul 发表于 2023-2-28 23:44
感觉你的用法可能有点问题，我这用没什么问题。

能请教下您是怎样产生这个.itp文件的吗？能发下步骤吗？

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