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标题: 多配体分子动力学能量极小化报错 [打印本页]

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Author: Linrude 时间: 2023-2-28 10:08
标题: 多配体分子动力学能量极小化报错
本帖最后由 Linrude 于 2023-2-28 10:08 编辑

请教一下各位老师，我最近在做蛋白（PDB:1zk4）和多配体的分子动力学模拟，配体分别是NADPH和底物sub，我把分子对接之后的NADPH和sub分别扣出来保存为pdb、mol2文件，然后用高斯做opt freq，然后利用sobtop生成这两配体的itp和gro文件。单独做蛋白和底物sub的模拟是成功的，但是只要加入了NADPH能量极小化就会报错（不论是蛋白单独和NAD跑还是NADPH和sub加入一起跑），我也查看了复合物的结构并没有发现有不合理的地方，也搜了不少帖子但还是出现问题。报错的信息以及模拟用到的文件我都添加在了附件中，麻烦各位老师帮忙指点一下，谢谢。

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