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标题: gmx跑npt时一定不能使用冻结吗？ [打印本页]

作者
Author: confidence 时间: 2023-2-28 15:17
标题: gmx跑npt时一定不能使用冻结吗？
本帖最后由 confidence 于 2023-2-28 16:33 编辑

各位老师好
1、我在跑npt时发现如果对石墨烯进行位置限制，程序会报错，而改用冻结则能正常运行，因此想请教老师如题问题。（石墨烯用vmd产生，仿照sobtop的例子获取itp文件）

2、加wall必然要在上下层留出多少的真空层吗？以及跑完md后真空层被压缩消失是否合理？

3、npt预平衡后用energy查看其势能、温度、压力、氢键数目等都能达到平衡（凝胶对离子的选择透过性模拟），接着跑产生相模拟时盒子不断压缩，这是新的平衡过程呢？还是说我在预平衡阶段就应该跑到盒子不会再压缩了？

4、位置限制时加的力的大小会影响模拟的正常运行吗？（有时候加20000就不能运行了）

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-2 07:00
冻结的情况下能正常跑就可以用。但不太可能存在冻结能行，而位置限制跑不了的情况，有也是因为设置不当所致，总有办法解决

弄清楚wall是干嘛用的，不需要用就别用
NPT（且各向异性控压）情况下除非把垂直于界面方向可压缩系数设为0，否则自然真空区会自发消失

两个任务设置存在较大差异，导致各自设定下平衡时的状态不一样。或者产生相时没恰当读取之前的状态续跑

位置限制的k不能太大，否则会造成高频震荡行为，导致动力学不稳定

作者
Author: confidence 时间: 2023-3-2 09:41
本帖最后由 confidence 于 2023-3-2 09:50 编辑

sobereva 发表于 2023-3-2 07:00
冻结的情况下能正常跑就可以用。但不太可能存在冻结能行，而位置限制跑不了的情况，有也是因为设置不当所致 ...

好呢谢谢sob老师的回答。
1、个人也认为em能冻结，npt就可以限制，但是对于石墨烯的情况我试了的确不行。mdp设置上也只是将freeze删去换用了DPOSRES，不过既然冻结能正常跑也就不纠结这个了。

2、老师我模拟的是水凝胶处在上层高盐溶液、下层低盐溶液中间，想看NA.CL离子穿过凝胶的情况。但是模拟中发现高盐溶液可能会从盒子上端进入到低盐溶液（即使上端有5nm的真空区），有老师就建议我加上石墨烯防止水分子等透过，但出现了如1的情况。

因此我才考虑加wall，个人认为这样也是可以防止高盐穿过盒子上端，mdp文件中我设置为pbc=xy，控压采用isotropic，请问老师我这样做是否合理？
3、理论上由于渗透压的作用，高盐溶液会有离子渗透到低盐溶液，之前wzkchem5老师跟我说可能是模拟时间不够长，而我现在已经跑了350ns，还是没有这种离子渗透现象。老师我是需要继续延长时间吗还是？

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