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标题: amber跑有机配位化合物体系MD，出现输出总能为正的问题 [打印本页]

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Author: Kiuzz 时间: 2023-2-28 17:52
标题: amber跑有机配位化合物体系MD，出现输出总能为正的问题
本帖最后由 Kiuzz 于 2023-2-28 17:59 编辑

各位老师好，我算的体系有625个原子，其中有五个二价锌离子和十个抗衡阴离子（其中有一个阴离子在有机体系空腔中），想要通过轨迹得到该化合物的平均能量。配体参数由amber ff14SB生成，金属参数由MCPB.py生成。具体过程如下：
该化合物在水溶液中跑了500nsMD，取平衡段剥去水后，用amber-cpptraj-energy算体系能量（图一: energy.in），得到的总能量为正值（图二: energy.out）。通过分析输出文件，amber的总能量total energy应该包含bond/angle/dihedral/1-4 van der Waals/ 1-4 electrostatics/van der Waals/electrostatic energy。
取轨迹最后一帧在真空中跑了几帧，得到的能量仍为正值（图三: energy_dry.out）。
请问：①请问以上做法是否正确？②MD输出文件能量为正值是正常的吗？
谢谢各位老师~

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