计算化学公社

标题: 求助 gromacs可以建立一个两种溶剂分开的盒子吗 [打印本页]

作者
Author: xuan12138 时间: 2023-2-28 21:16
标题: 求助 gromacs可以建立一个两种溶剂分开的盒子吗
我想使用gomacs建立一个类似于 (, 下载次数 Times of downloads: 6) 这样的盒子，左半部分放入氯仿溶剂，并添加k+和cl+，右半部分放入水分子，在二者界面相交处放入18c6分子，请问应该怎么操作

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2023-2-28 22:55
先搜索，搜不到再提问
http://sobereva.com/473
packmol是任何做MD的人都应该了解的最基础的工具

另外，你应该是打算模拟18-冠-6络合钾离子相转移过程，这种涉及界面现象的模拟应该把界面建得尽可能大，图中这个模型对应的工作可能很老了，而现在计算条件完全可以支持数十倍于图中模型体积的模型的模拟。

作者
Author: xuan12138 时间: 2023-3-1 08:55

Entropy.S.I 发表于 2023-2-28 22:55
先搜索，搜不到再提问
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好的谢谢我去看看

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