计算化学公社

标题: 请教关于虚拟机与原生Linux下gpu加速的问题 [打印本页]

作者
Author: a3332142794 时间: 2023-3-1 00:58
标题: 请教关于虚拟机与原生Linux下gpu加速的问题
各位老师大家好，本人最近在照着sob老师的博文http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html尝试通过虚拟机下CentOS操作系统安装gromacs程序。博文“下面安装的是纯CPU运算、单精度、能单机并行但不能跨节点并行的版本。如果需要GPU加速或跨节点或双精度运算，看文末的附注。”，同时附注中也作了相应介绍，而在这篇博文http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=29673&highlight=%D0%E9%C4%E2%BB%FA中，老师们给出的解答是VMware中无法也没必要安装GROMACS GPU加速版。

作为小白，请问我是否可以理解成：GROMACS通常在Linux下运行，但是Vmvare下的linux无法充分利用甚至无法调用gpu的性能？有没有独显对vmvare下gromacs的计算速度影响不大？所以用原生的Linux系统安装gromacs才是最优解？原生linux系统有推荐的版本吗？

提问术语可能不太专业，还望各位老师指点迷津~感谢

作者
Author: 牧生 时间: 2023-3-1 07:53
本帖最后由牧生于 2023-3-1 07:59 编辑

1、一般情况下，虚拟机下不能调用GPU。尽管网上有些方法可以在虚拟机中调用GPU，但是有额外花销，且方法麻烦，且发挥的性能不一定好。为了省事且高效，直接实体机装linux发行版是较好的选择。
2、Centos Stream或者Rockylinux是计算化学较好的选择。

作者
Author: a3332142794 时间: 2023-3-1 14:30

牧生发表于 2023-3-1 07:53
1、一般情况下，虚拟机下不能调用GPU。尽管网上有些方法可以在虚拟机中调用GPU，但是有额外花销，且方法麻 ...

好的，谢谢老师。

请问您见过哪里有原生机安装CentOS 8 stream的教程吗？本机安装应该更麻烦，和sob老师介绍的虚拟机下安装不一样吧？网上其他平台发布的也极少有原生机安装的帖子。之前一直用的windows操作系统，没有教程不太敢去折腾啊~

作者
Author: 牧生 时间: 2023-3-1 14:40

a3332142794 发表于 2023-3-1 14:30
好的，谢谢老师。

请问您见过哪里有原生机安装CentOS 8 stream的教程吗？本机安装应该更麻烦，和sob老 ...

用ventory把U盘制作为启动盘，然后拷入CentOS 8 stream，然后插在机子上从U盘启动，就和虚拟机里面装centos一样，不用改任何的启动项，傻瓜操作。

作者
Author: abin 时间: 2023-3-1 14:55
楼上说的对，安装系统需要什么教程呀。
使用Ventoy, 下载的镜像文件直接放在U盘中，
开机进入BIOS，选择USB启动。（可能需要查阅主板手册，搞清楚如何进入BIOS）

没有其他特殊需求的话，采用默认磁盘分区即可。

相关配置可以参考 CentOS8 手册，
或者看逼人提供的配置方案，视频演示，
【高性能计算服务器工作站系统安装方案推荐】 https://www.bilibili.com/video/BV11Z4y1M7xZ
【centOS8系统安装以及初始化设定】 https://www.bilibili.com/video/BV12t4y1C79m

如今， Linux安装时特别方便，快速。基本是傻瓜流程。

目前，系统安装最慢的，是MacOS；其次，是微软。
安装速度最快的是， Linux，比如Ubuntu。

安装的时候，请拔掉网线。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-2 06:48

a3332142794 发表于 2023-3-1 14:30
好的，谢谢老师。

请问您见过哪里有原生机安装CentOS 8 stream的教程吗？本机安装应该更麻烦，和sob老 ...

视频里的虚拟机和原生机子完全一样，你在vmware窗口里看到的客户机就等同于原生机子
在VMware 15中安装CentOS 7.6的完整过程视频演示
http://sobereva.com/454（http://bbs.keinsci.com/thread-11806-1-1.html）

作者
Author: iwait 时间: 2023-3-2 18:57
hypervisor分第一类hypervisor（直接运行在硬件上如ESXi，ProxmoxVE，Xen Server等）和第二类hypervisor（作为一个其他操作系统上的应用如virtualbox，vmware workstation，qemu等）。只有第一类hypervisor，和linux上运行的第二类hypervisor才有可能让guest os访问到GPU，相应的技术叫PCI passthrough，中文一般翻译成直通。如果实在不想放弃windows，可以搜一下hyper-V gpu passthrough。Windows上用VMware估计没戏。

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