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标题: gromacs做完能量最小化后，发现原子片段前边的序列号跟初始构象不同了 [打印本页]

作者
Author: 小柏桐 时间: 2023-3-1 15:13
标题: gromacs做完能量最小化后，发现原子片段前边的序列号跟初始构象不同了
本帖最后由小柏桐于 2023-3-1 16:52 编辑

做完能量最小化后，生成的.gro文件中的片段序列号跟初始的.gro文件片段序列号不同，这是什么原因呢？还有我把石墨烯四周的碳原子固定了，但是能量最小化后，有一边固定碳原子的位置也变了。请老师们指教。

左边是部分初始的.gro文件右边是能量最小化后的。下边附件还有em.mdp .top .gro文件

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作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-2 06:21
gro文件要求原子序号从1开始顺着排下去，不符合要求的会自动修正

作者
Author: 小柏桐 时间: 2023-3-2 09:25

sobereva 发表于 2023-3-2 06:21
gro文件要求原子序号从1开始顺着排下去，不符合要求的会自动修正

老师，我的初始构型的.gro文件里边的原子序号就是从1开始的

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-3 06:12

小柏桐发表于 2023-3-2 09:25
老师，我的初始构型的.gro文件里边的原子序号就是从1开始的

我明确说了顺着

你的gro文件里明显序号不是连续的

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