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标题: 求助:多相体系做动力学模拟输入文件如何选取 [打印本页]

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Author: 1015866003 时间: 2023-3-1 17:02
标题: 求助:多相体系做动力学模拟输入文件如何选取
参考卢老师Gromacs课程所讲，乙醚在水与甲醇中的分离一例：用“mix.gro”作为输入文件，但我要做的吸附实验是固/液相跨物态的过程，如活性炭吸附水中混合离子，该如何选取输入文件。望老师们指点迷津。

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Author: sobereva 时间: 2023-3-2 06:24
mdp自己手写，各个选项怎么用我在课上都详细讲了
如果是指建模，活性炭我不清楚，搜文献；加水和离子照常用gmx solvate和gmx genion
活性炭的拓扑文件借助sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生

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Author: 1015866003 时间: 2023-3-11 13:53

sobereva 发表于 2023-3-2 06:24
mdp自己手写，各个选项怎么用我在课上都详细讲了
如果是指建模，活性炭我不清楚，搜文献；加水和离子照常 ...

老师，我在此例中活性炭用sobtop产生的top文件里面atom项原子电荷全是0，由于原子数量太多（520个C），没法做DFT优化，所以就没法用Multiwfn拟合RESP静电势，想请教一下老师如何得到活性炭的原子电荷信息

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-11 23:14

1015866003 发表于 2023-3-11 13:53
老师，我在此例中活性炭用sobtop产生的top文件里面atom项原子电荷全是0，由于原子数量太多（520个C），没 ...

都当成0就完了
虽然体系不是对称的，但毕竟都是碳，原子电荷也不至于偏离0到哪去。如果非要算的话，可以用CP2K对活性炭界面体系算REPEAT原子电荷，500多个原子算起来没难度。但模拟过程中活性炭的表面结构不能再有明显变化，要不然原子电荷又不适合了。

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Author: 1015866003 时间: 2023-3-12 13:51
噢，原来如此，这下明白了，感谢sob老师解答

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