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标题: 求助：执行msd命令遇到standard library logic error [打印本页]

作者
Author: atu5257 时间: 2023-3-1 18:09
标题: 求助：执行msd命令遇到standard library logic error
我做锂离子电池电解液模拟，执行msd命令时遇到下图的错误：
Standard library logic error (bug):
(exception type: St12length_error)
vector::_M_default_append
我用的是ubuntu22.04LTS系统，新装的Gromacs2023，之前用18.04和Gromacs2020.1的时候是没有这个问题的。最近新装的系统和软件，开始出现这个问题。执行其他命令的时候还没有碰到这个问题。manual2023里面也没有查到。
网上搜索，可能与GCC有关，但是我不懂是什么问题。请问有老师能指导一下是哪里的问题，怎么解决。谢谢！
运行环境：
ubuntu22.04LTS，Gromacs2023，nvidia驱动525.78.01，CUDA12.0，gcc&g++ 11.3.0，cmake 3.22.1

作者
Author: manozzz 时间: 2023-5-18 15:07
你好，我也遇到了相同的问题，请问你解决了吗？

作者
Author: xwwjd 时间: 2024-1-4 16:56
我也遇到这个问题了，请问解决了吗

作者
Author: snljty2 时间: 2024-1-4 17:22

xwwjd 发表于 2024-1-4 16:56
我也遇到这个问题了，请问解决了吗

大概率是软件bug，用2021版本没问题，2022和2023都遇到过这个问题。换旧版算吧。

作者
Author: 丁越 时间: 2024-1-4 22:10
本帖最后由丁越于 2024-1-5 09:00 编辑

snljty2 发表于 2024-1-4 17:22
大概率是软件bug，用2021版本没问题，2022和2023都遇到过这个问题。换旧版算吧。

是软件bug。我测试的2018.8，2021.7，2021.3都没这个问题，最新的版本2023.3这个bug都没有修复

https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues/4694

作者
Author: snljty2 时间: 2024-1-5 14:26

丁越发表于 2024-1-4 22:10
是软件bug。我测试的2018.8，2021.7，2021.3都没这个问题，最新的版本2023.3这个bug都没有修复

htt ...

嗯嗯，我这边之前跑2019的版本也没问题，基本是>=2022系列就有这个问题了，之前也看到一个issue说轨迹记录步长超过1 ps好像就没问题，但是有些时候比如用Gromacs计算别的软件AIMD跑出的数据的时候，甚至是1 fs的步长，那就只能用老版本了

作者
Author: wanzongliang 时间: 2024-3-6 19:58

snljty2 发表于 2024-1-5 14:26
嗯嗯，我这边之前跑2019的版本也没问题，基本是>=2022系列就有这个问题了，之前也看到一个issue说轨迹记 ...

1ps以上也是不行的，刚试过

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