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标题: 如何Gview里面设置分子点群？结构优化完了，软件还是推荐C1点群 [打印本页]

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Author: blbrook 时间: 2023-3-1 20:21
标题: 如何Gview里面设置分子点群？结构优化完了，软件还是推荐C1点群
本帖最后由 blbrook 于 2023-3-1 20:22 编辑

本人菜鸟一枚，刚开始优化结构是使用默认的C1，但是后面发现自己分子应该属于C3点群的。无论怎么改变容忍值，Gview软件无法给出推荐的点群。是否有手动输入的方法？

作者
Author: chands 时间: 2023-3-1 20:33
直接constrain to subgroup C3试了吗？

作者
Author: blbrook 时间: 2023-3-1 21:43

chands 发表于 2023-3-1 20:33
直接constrain to subgroup C3试了吗？

这个是指令吗？直接加在基组后面？

作者
Author: shenzp 时间: 2023-3-1 21:43
可能是结构偏离C3比较多，需要手动调整一下

作者
Author: blbrook 时间: 2023-3-1 21:47

shenzp 发表于 2023-3-1 21:43
可能是结构偏离C3比较多，需要手动调整一下

的确，我是一个重复单元的有机大环。在四聚大环的情况会给出合适的点群。在三聚大环这个就给不出点群，只能是C1。好奇怪

作者
Author: shenzp 时间: 2023-3-1 23:07

blbrook 发表于 2023-3-1 21:47
的确，我是一个重复单元的有机大环。在四聚大环的情况会给出合适的点群。在三聚大环这个就给不出点群，只 ...

把几何优化的收敛限设严一些是不是能满足程序的对称性标准？或者有没有可能三聚的本来就对称性没那么高？其实分子不太大的话肉眼应该也能看个大概的对称性吧

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-2 00:19

blbrook 发表于 2023-3-1 14:47
的确，我是一个重复单元的有机大环。在四聚大环的情况会给出合适的点群。在三聚大环这个就给不出点群，只 ...

可能三聚大环本来对称性就低于C3。
举个例子：一个大圆里面装若干个彼此吸引的小圆，装4个小圆刚好装满。那么当有4个小圆的时候，体系的能量最低构型是D4h对称性，但3个小圆的时候，能量最低构型只有C2v对称性。
反过来的例子也是存在的，苯和环辛四烯可以认为是乙炔的三聚体和四聚体，前者的对称性是D6h，但后者的对称性不到D8h，只有D2d（因为平衡结构是非平面的）。

作者
Author: blbrook 时间: 2023-3-2 13:51

wzkchem5 发表于 2023-3-2 00:19
可能三聚大环本来对称性就低于C3。
举个例子：一个大圆里面装若干个彼此吸引的小圆，装4个小圆刚好装满 ...

我的分子理论上的确是C3,但是高斯优化完后和单晶结构表明这个结构的确不是非常对称的。但是核磁上只显示一个结构的信号，这说明它们的确等价的。我不清楚这样有木有联系哈。主要是怕审稿人问我到时候

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Author: wzkchem5 时间: 2023-3-3 02:31

blbrook 发表于 2023-3-2 06:51
我的分子理论上的确是C3,但是高斯优化完后和单晶结构表明这个结构的确不是非常对称的。但是核磁上只显示 ...

核磁只有一个结构的信号可能只是说明这个分子构象转变很快，平均结构是C3对称性的，但不代表能量最低构象是C3对称性的。

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