计算化学公社
标题: aimd中模拟界面上分子/离子得电子后的分解过程 [打印本页]
作者Author: madhatter 时间: 2023-3-1 20:28
标题: aimd中模拟界面上分子/离子得电子后的分解过程
本帖最后由 madhatter 于 2023-3-1 20:32 编辑
之前用orca对一个离子做电场下的aimd，结果给错了电荷，正常是+1，结果给成了0，结果在aimd中就发生了分解，反应路径与文献中一致，所以我在思考提前给电子是否可以跳过电化学反应得电子那一步骤，直接在电场下已经得到电子的分子/离子/集团，自发的反应。所以我做了在固体表面放上了这个离子，总电荷给的0，的确得到了想要的反应过程。1.我不确定这种做法是否对
2.不过后续我想做更复杂的aimd模拟时涉及到一个问题，就是给电荷是给的系统总电荷，cp2k是否有关键词可以限制某些原子或者某些分子在md过程中电荷合不变，这样是不是可以更好的去诱发反应。
3.我查了谷歌，有人给出了几个约束的关键词 原文如下， 我想知道的是这些关键词是否可以满足我的需要，如果可以那种比较好用，
如果知道的话能否告诉md中控制电荷关键词在哪个词条下。
4.图1是去年的一篇电解液文章（https://www.science.org/doi/10.1126/science.abn1818），从这个看他所谓的促进分解的aimd是否是这种类似的研究。
水平有限，如果有错误还请各位大佬指正
[color=rgba(0, 0, 0, 0.87)]you may also want to have a look at the regtests using those sections
(to have an idea of the working template).
作者Author: chands 时间: 2023-3-1 20:51
没必要限制某些原子或基团的电荷量，因为原子或基团的电荷量（电荷布居）会因结构不同而不同，就算给出某个原子和基团的初始电荷量，MD一跑，电荷量又变了。如果你真的要固定某个原子或基团的电荷量，要想清楚这样做的物理意义。
这篇文献更像对不同构型（构象）作电荷布居分析，研究反应过程的电荷转移情况。
作者Author: madhatter 时间: 2023-3-1 21:10
谢谢大佬的指点
其实我对aimd还是有些不理解，在模拟一些电化学反应来说，如果界面是一个金属无法像这个文章里提的官能团提供多余电子，界面上的分子在我理解中似乎永远无法发生进一步反应。
他这种是属于固体表面带有电子聚集或者直接带电荷的官能团，所以这些电荷有机会传递到电解液分子中，使它得到电子，
1.跟我直接在系统电荷上添加，然后跑aimd，理解上是否是类似。
2.我的实验和改电荷后的aimd很好的契合，是不是类比一些功函数大的材料表面的电化学研究，可以用这种直接改电荷的方式去诱导反应的发生。
作者Author: sobereva 时间: 2023-3-2 06:16
想约束电荷，一种做法是用CP2K的CDFT，用于AIMD一般会增加好几倍耗时，另一种做法是用QM/MM，用原子电荷体现固定电荷
| 欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) |
Powered by Discuz! X3.3 |