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标题: 径向分布函数图VMD和Gromacs的不一样 [打印本页]

作者
Author: 果果123 时间: 2023-3-1 21:34
标题: 径向分布函数图VMD和Gromacs的不一样
我所模拟的是1分子V6O7(OC2H5)12 在100个[NBu4][PF6]、1650个乙腈溶剂分子中10ns的NVT，我想对比一下他和V6O7(OCH3)12与溶剂分子和抗衡离子的相互作用，于是打算作出其中乙基最外端的H与抗衡离子的N 和溶剂分子中的C 的RDF。在模拟H和C的时候，不明原因终结后，打算用VMD进行绘图。但是发现H-N的径向分布图中，VMD和Gromacs两者作图出现了明显的差异。应该以哪个为准，是什么原因造成的。 (, 下载次数 Times of downloads: 6) (, 下载次数 Times of downloads: 7) (, 下载次数 Times of downloads: 7)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-2 06:20
gmx rdf默认会把分子内的C-H也进行计算，自然峰会巨高

作者
Author: 果果123 时间: 2023-3-2 08:32

sobereva 发表于 2023-3-2 06:20
gmx rdf默认会把分子内的C-H也进行计算，自然峰会巨高

好的感谢sob老师

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