计算化学公社

标题: ORCA 5.0.4发布 [打印本页]

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-3 02:41
标题: ORCA 5.0.4发布
https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewtopic.php?f=8&t=9997

该版本是bugfix release，主要是修复了DFT-D4梯度的bug，大家如果有用DFT-D4优化结构的（包括r2SCAN-3c），或者用DFT-D4计算含有某些特定元素（Li, Be, Na, Mg, K, Ca, Sc, Ti, V, Rb, Sr, Y, Zr, Nb, Cs, Ba, Hf, Ta）的分子的单点能，建议下载5.0.4版重新算一下，验证一下结果是否正确。此外还修复了一些其他bug，如wB97M-V结构优化会报错的问题等。完整的bugfix列表见https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewforum.php?f=56。
因为该版本只修复了bug，而没有更改其他默认设置，因此在不涉及上述bugs的方面，ORCA 5.0.4的计算结果和5.0.3是可比的。

作者
Author: zsu007 时间: 2023-3-3 06:22
谢谢楼主的分享！
期待大版本的更新

作者
Author: exity 时间: 2023-3-3 07:38
求搬运

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2023-3-3 08:49
网站打不开。。。科学都不行

作者
Author: 牧生 时间: 2023-3-3 09:20
本帖最后由牧生于 2023-3-3 09:21 编辑

mfdsrax2 发表于 2023-3-3 08:49
网站打不开。。。科学都不行

科学可以的，我已经下载好了

链接：https://pan.baidu.com/s/1LDNGI9xJE9r3-z1gI3xUFw?pwd=agjh
提取码：agjh

作者
Author: renzhogn424 时间: 2023-3-3 10:16
太好了，感谢感谢

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2023-3-3 10:24

牧生发表于 2023-3-3 09:20
科学可以的，我已经下载好了

再请问一下有什么快速下载网盘的方法吗，我现在好几个方法都失灵了

作者
Author: 牧生 时间: 2023-3-3 10:35

mfdsrax2 发表于 2023-3-3 10:24
再请问一下有什么快速下载网盘的方法吗，我现在好几个方法都失灵了

要么用脚本下（有失效的可能），要么自己充钱，要么借用别的已经充了钱的，要么找朋友代下，要么去某鱼上找人代下，要么老老实实睡一觉等着下，几百M而已，又不是几G。方法很多很多。

作者
Author: Strange 时间: 2023-3-3 10:49
绝了，刚用DFT-D4算完，还好文章还没投

作者
Author: chemicalchange 时间: 2023-3-3 12:35
啊，用B3LYP-D4优化的有机体系结构（CHONS），文章已经投出去了。。。这个BUG可能会产生什么样的影响啊

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-3 15:07

chemicalchange 发表于 2023-3-3 05:35
啊，用B3LYP-D4优化的有机体系结构（CHONS），文章已经投出去了。。。这个BUG可能会产生什么样的影响啊

目前看来，DFT-D4的bug主要体现在结构优化不收敛。但是至于会不会有收敛了但结果不对的情况，不是太好说。
最好还是用ORCA 5.0.4验算一下，有可能这个bug的影响小到在你报的有效数字位数下体现不出来，假如是那样就无所谓了。

作者
Author: chemicalchange 时间: 2023-3-3 16:36

wzkchem5 发表于 2023-3-3 15:07
目前看来，DFT-D4的bug主要体现在结构优化不收敛。但是至于会不会有收敛了但结果不对的情况，不是太好说 ...

我的确遇到一些可能合理的初猜但一直不收敛找不到过渡态的情形，看来还是得小心验算一遍。这个问题会不会引起一大片的correction啊，是不是影响很广啊。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-3 20:46

chemicalchange 发表于 2023-3-3 09:36
我的确遇到一些可能合理的初猜但一直不收敛找不到过渡态的情形，看来还是得小心验算一遍。这个问题会不会 ...

确实，不过估计大部分情况下，影响不会大到影响文章结论（据我了解，只要不涉及以上所说的那些元素，能量就是对的，只有梯度不对；即使涉及以上所说的元素，对能量影响也不大），但是很可能仍然足够影响文章报道的数据

作者
Author: dnlx 时间: 2023-3-3 21:24

wzkchem5 发表于 2023-3-3 15:07
目前看来，DFT-D4的bug主要体现在结构优化不收敛。但是至于会不会有收敛了但结果不对的情况，不是太好说 ...

估计就是我现在碰到的问题，正戊烷和正己烷边上碳碳键质子化很容易找到过渡态，但是正庚烷质子化的过渡态跑偏了，而且无论如何不收敛（B3LYP D4 def2-TZVP def2/J RIJCOSX ScanTS VeryTightOPT strongSCF）。

请问Windows版本估计这几天会不会出来？MacOS的已经在那里了，看来windows版本遇到困难了。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-3 21:43

dnlx 发表于 2023-3-3 14:24
估计就是我现在碰到的问题，正戊烷和正己烷边上碳碳键质子化很容易找到过渡态，但是正庚烷质子化的过渡态 ...

刚看了一下，Windows版刚好几分钟之前放上来了

作者
Author: ghifi37 时间: 2023-3-4 10:59
本帖最后由 ghifi37 于 2023-3-4 11:01 编辑

请问这个bug是ORCA的bug吧？而不是D4本身的？虽然在ORCA里谨慎用D3到现在，但还是在第一性原理计算中用了很久的D4了。
orcaforum.kofo.mpg.de上不去，只能借此一问了。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-4 17:33

ghifi37 发表于 2023-3-4 03:59
请问这个bug是ORCA的bug吧？而不是D4本身的？虽然在ORCA里谨慎用D3到现在，但还是在第一性原理计算中用了很 ...

应该不是D4本身的

作者
Author: milkxx 时间: 2023-3-4 18:20
应该不是D4本身的问题，我也是发现oca的结果比较奇怪，试试新版的

作者
Author: ghifi37 时间: 2023-3-4 19:22

wzkchem5 发表于 2023-3-4 17:33
应该不是D4本身的

谢谢回复！这下就放心了，不过我也留意着点D4有什么风吹草动。

作者
Author: dnlx 时间: 2023-3-5 00:34
本帖最后由 dnlx 于 2023-3-5 02:25 编辑

我前面的问题（正庚烷质子化），5.0.4的结果一切正常。
可见不是D4模型的问题，而是代码有bug

作者
Author: 201831742 时间: 2023-3-14 17:31
毕业了，用ORCA算的论文还没发。老师写我名字不算侵权吧

作者
Author: 牧生 时间: 2023-3-15 19:44
本帖最后由牧生于 2023-3-15 20:32 编辑

win版
链接：https://pan.baidu.com/s/1XL9oal5yGUNkzaFBvmF3PA
提取码：8qq9

作者
Author: 鬼隐 时间: 2023-4-7 20:36
王老师好，我最近使用的版本是504，但是优化时遇到一些奇怪的现象，比如我用r2scan-3c 优化时经常遇到羰基/双键微颤一百多步，最终优化失败的情况。

oss外链，优化轨迹播放-录屏

我用g16 external 优化也是如此

请问，504目前是有梯度bug吗？如果有，是整体的bug还是D4的问题？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-7 21:35

鬼隐发表于 2023-4-7 13:36
王老师好，我最近使用的版本是504，但是优化时遇到一些奇怪的现象，比如我用r2scan-3c 优化时经常遇到羰基/ ...

r2SCAN-3c因为是meta-GGA，对格点比较敏感，可能是格点不够大

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2023-4-9 00:46
本帖最后由喵星大佬于 2023-4-9 00:48 编辑

任何情况下defgrid3几乎必须，默认设置带着defgrid3，且scf如下设置

%scf
TolE 1e-10
TolRMSP 1e-10
TolMaxP 1e-8
Thresh 1e-12
TCut 1e-14
end

复制代码

瓜丝在导数任务强制要求conver=8且默认设置的积分截断和ultrafine格点是非常有必要的
即使在用orca或其他软件时此类设置建议一律设严
如果通过降低此类要求快速得到一个不知道对不对的结果，不如不要得到结果

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-9 16:20

喵星大佬发表于 2023-4-8 17:46
任何情况下defgrid3几乎必须，默认设置带着defgrid3，且scf如下设置

对于r2SCAN-3c确实如此。我可以考虑在我们内部反映一下，对于meta-GGA（或者只对于Minnesota泛函和SCAN系列泛函）把默认格点加到defgrid3。
对于普通GGA泛函，我们的测试结果是大概每几千个分子里会出现一例有假虚频的情况，且没有遇到过因为格点太小结构优化不收敛的情况。至于几千分之一的概率是否足以使得orca的默认格点必须改成defgrid3，我不好下结论，这个也看一下大家的意见。
至于scf的设置，我感觉verytightSCF基本足够了（tolE和tolRMSP比你写的松一个量级）。如果有verytightSCF不够，而你这个设置却够的情况，也欢迎反馈，我们可以考虑在verytightSCF和extremeSCF之间增加一个收敛阈值选项

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2023-4-9 17:21

wzkchem5 发表于 2023-4-9 16:20
对于r2SCAN-3c确实如此。我可以考虑在我们内部反映一下，对于meta-GGA（或者只对于Minnesota泛函和SCAN系 ...

我这个收敛标准是直接照搬了瓜丝里的scf=conver=8，加入这样一个设置可以让之前瓜丝的用户过度的更丝滑

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2023-4-9 18:13

喵星大佬发表于 2023-4-9 17:21
我这个收敛标准是直接照搬了瓜丝里的scf=conver=8，加入这样一个设置可以让之前瓜丝的用户过度的更丝滑

scf(conver=8) 应该是 RMSP 1e-8, MaxP 1e-6，且高斯不检查TolE

作者
Author: ZhBao 时间: 2023-5-31 23:53

牧生发表于 2023-3-15 19:44
win版
链接：https://pan.baidu.com/s/1XL9oal5yGUNkzaFBvmF3PA
提取码：8qq9

连接失效了，能麻烦您再发一个么。也不行，下载太慢了，总是断掉！

作者
Author: 牧生 时间: 2023-6-1 00:17

ZhBao 发表于 2023-5-31 23:53
连接失效了，能麻烦您再发一个么。也不行，下载太慢了，总是断掉！

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =%C4%E6%EA%AA%BE%A8

链接：http://pan.baidu.com/s/1c2hEk1a 密码：c26o

复制代码

作者
Author: ZhBao 时间: 2023-6-1 11:29

牧生发表于 2023-6-1 00:17
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=6392&highlight=%C4%E6%EA%AA%BE%A8

谢谢牧生老师！

作者
Author: hzfish 时间: 2023-7-21 21:39
ωB97X-3c在哪个版本开始支持？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-7-21 22:20

hzfish 发表于 2023-7-21 14:39
ωB97X-3c在哪个版本开始支持？

应该下一版（6.0）会支持，预计今年内发布

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)