计算化学公社

标题: 新手求助：用gamess做eda,出现读取轨道错误 [打印本页]

作者
Author: 火星哥 时间: 2023-3-3 08:25
标题: 新手求助：用gamess做eda,出现读取轨道错误
本帖最后由火星哥于 2023-3-3 08:41 编辑

使用multiwfn将fchk转换成gamess的输入文件，然后按照网上的例子照猫画虎修改关键词，但是最终还是任务出错。由于我用gaussian优化分子时对过渡金属加了赝势基组，但是gamess我不会加赝势基组，所以就保留了收敛的波函数。不知道问题是不是出在了这。希望大家不吝赐教。
输入文件关键词：
$CONTRL SCFTYP=UHF MULT=1 ICHARG=0 mult=1 Runtyp=eda
DFTTYP=B3LYPV1R ISPHER=0 MAXIT=100
NPRINT=-5 $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 NPFUNC=0 DIFFSP=.F.
DIFFS=.F. $END
$LMOEDA MATOM(1)=90 23 MCHARG(1)=0 0 MMULT(1)=1 1 edatyp=gks $END
$SYSTEM MWORDS=200 memddi=200 $END
$SCF diis=.t. DIRSCF=.T. soscf=.f. NPUNCH=1 $END
$DFT IDCVER=4 $END
$GUESS GUESS=MOREAD NORB= 1313 $END
$DATA
Generated by Multiwfn
C1

输出报错：

POSSIBLY A DAMAGED OR MANGLED ORBITAL INPUT GROUP?
ERROR OCCURED AT ORBITAL=    2 (MODULUS 100= 2),
      ITS LINE NUMBER=    1
DATA READ FROM INPUT WAS ORBITAL=    1 LINE= 191
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT 15:29:18 02-MAR-2023
         14720190  WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED

作者
Author: snljty2 时间: 2023-3-3 11:05
LMOEDA不支持读轨道做初猜。申请GKS-EDA重新编译GAMESS，用MOKIT产生输入文件，读别的程序收敛的波函数做初猜，可以轻松解决这个问题。

作者
Author: 火星哥 时间: 2023-3-3 15:31

snljty2 发表于 2023-3-3 11:05
LMOEDA不支持读轨道做初猜。申请GKS-EDA重新编译GAMESS，用MOKIT产生输入文件，读别的程序收敛的波函数做初 ...

谢谢，我是直接用的他的那个计算平台。苏老师那个我已经下载了，还没有重新编译

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-3-3 16:13
xeda-patch修改过的GAMESS代码，做LMO-EDA或GKS-EDA计算，如果想读轨道，需要传5套轨道（如果不patch，直接使用官方GAMESS，压根不支持读轨道）。你手动操作，只怕传了1套轨道，而且还未必传对了，离正确计算还很遥远。另还有基组和赝势格式正确性未知。建议使用MOKIT的frag_guess_wfn小程序，智能、自动，随便举个有赝势的例子

%mem=96GB
%nprocshared=48
#p UPBE1PBE/genecp guess(fragment=2)
{gks}
3 2 3 2 0 1
Ti(fragment=1) 0.00000000 0.00000000 0.00000000
H(fragment=2) 0.00000000 2.68428109 -0.78751709
H(fragment=2) 2.68128062 0.78751744 0.00000000
H(fragment=2) 0.00000000 -2.68428109 0.78751709
H(fragment=2) 0.78751709 0.00000000 -2.68228109
H(fragment=2) -2.68128062 0.78751744 0.00000000
H(fragment=2) -0.78751709 0.00000000 2.68228109
O(fragment=2) 0.00000000 2.10100000 0.00000000
H(fragment=2) 0.00000000 2.68428109 0.78751709
O(fragment=2) 0.00000000 0.00000000 2.09900000
H(fragment=2) 0.78751709 0.00000000 2.68228109
O(fragment=2) 0.00000000 0.00000000 -2.09900000
H(fragment=2) -0.78751709 0.00000000 -2.68228109
O(fragment=2) 2.09800000 0.00000000 0.00000000
H(fragment=2) 2.68128062 -0.78751744 0.00000000
O(fragment=2) -2.09800000 0.00000000 0.00000000
H(fragment=2) -2.68128062 -0.78751744 0.00000000
O(fragment=2) 0.00000000 -2.10100000 0.00000000
H(fragment=2) 0.00000000 -2.68428109 -0.78751709
Ti 0
SDD
****
H O 0
cc-pVDZ
****
Ti 0
SDD

复制代码

提交

frag_guess_wfn Ti.gjf >Ti.out 2>&1 &

复制代码

6 min搞定，生成Ti.inp文件，里面坐标、基组、赝势、关键词全都写好了，直接提交给XEDA

xeda Ti.inp 00 48 >Ti.gms 2>&1 &

复制代码

25 s搞定，打开输出文件看结果即可。更多能量分解示例请见MOKIT在线文档https://jeanwsr.gitlab.io/mokit-doc-mdbook/chap5-3.html

作者
Author: 火星哥 时间: 2023-3-3 17:10

zjxitcc 发表于 2023-3-3 16:13
xeda-patch修改过的GAMESS代码，做LMO-EDA或GKS-EDA计算，如果想读轨道，需要传5套轨道（如果不patch，直接 ...

谢谢老师，您的指导真的如黄钟大吕

作者
Author: 火星哥 时间: 2023-3-14 16:08

zjxitcc 发表于 2023-3-3 16:13
xeda-patch修改过的GAMESS代码，做LMO-EDA或GKS-EDA计算，如果想读轨道，需要传5套轨道（如果不patch，直接 ...

“ifort -c file_op.f90 -o file_op.o -O2 -fpp -fPIC
error: can't open file file_op.o for write
compilation aborted for file_op.f90 (code 1)
make: *** [Makefile.main:106：file_op.o] 错误 1”
老师，我在另一台服务器上安装MOKIT时，执行make all 时，显示错误，请问您知道这是哪里的问题吗

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-3-14 16:11
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-3-14 16:13 编辑

火星哥发表于 2023-3-14 16:08
“ifort -c file_op.f90 -o file_op.o -O2 -fpp -fPIC
error: can't open file file_op.o for write
co ...

你可以不用编译，下载预编译版，解压，写好环境变量即可使用，1 min上手。
如何写预编译版环境变量
https://gitlab.com/jxzou/mokit/- ... 6%E8%AF%91%E7%89%88
预编译版本详情
https://jeanwsr.gitlab.io/mokit- ... ables-and-libraries

作者
Author: 火星哥 时间: 2023-3-14 17:31

zjxitcc 发表于 2023-3-14 16:11
你可以不用编译，下载预编译版，解压，写好环境变量即可使用，1 min上手。
如何写预编译版环境变量
https ...

谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)

Powered by Discuz! X3.3