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标题: 分子在结构优化完以后与实际不符 [打印本页]

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Author: Mentary 时间: 2023-3-3 20:04
标题: 分子在结构优化完以后与实际不符
本帖最后由 Mentary 于 2023-3-3 21:14 编辑

老师们，我在计算一种离子化合物在Al表面的吸附解离机理，使用CP2k软件对该离子化合物的单个分子进行结构优化（它被放到了一个足够大的盒子中，初始结构如上面的图片所示），使用的方法和基组分别为PBE和DZVP-MOLOPT-SR-GTH，在结构优化完以后发现阳离子中的氢与阴离子中的N成键了，优化完的结果如图片中红色圆圈所示，请问老师这该如何解决。高斯优化单个分子时不会出现这种情况，可不可以直接用高斯优化的结果而不用在CP2K中优化该分子。不知道这样可不可以，因为在构建其在Al表面的构型后，依然需要CP2K进行计算。谢谢各位老师了。

作者
Author: chands 时间: 2023-3-3 20:17
当然可以先在Gaussian优化好再将结构导入CP2K作计算。CP2K用平面波基组，CP2K优化的结构不会与Gaussian完全一致。但是我感觉你的阴阳离子是可以形成复合物啊。

作者
Author: Mentary 时间: 2023-3-3 20:39

chands 发表于 2023-3-3 20:17
当然可以先在Gaussian优化好再将结构导入CP2K作计算。CP2K用平面波基组，CP2K优化的结构不会与Gaussian完全 ...

老师您好，图片中的是单分子，我对原来的帖子又编辑了一次，添加上了分子初始结构，从晶胞中提取的，高斯优化是没问题，但是使用CP2K优化完以后分子变得不符合实际了。

作者
Author: chands 时间: 2023-3-3 21:02

Mentary 发表于 2023-3-3 20:39
老师您好，图片中的是单分子，我对原来的帖子又编辑了一次，添加上了分子初始结构，从晶胞中提取的，高斯 ...

晶胞提取的结构，CP2K优化时加周期性边界条件没？Gaussian不能优化周期性体系，晶胞的结构跟气相孤立结构本来就不一样。

作者
Author: Mentary 时间: 2023-3-3 21:09
本帖最后由 Mentary 于 2023-3-3 21:12 编辑

chands 发表于 2023-3-3 21:02
晶胞提取的结构，CP2K优化时加周期性边界条件没？Gaussian不能优化周期性体系，晶胞的结构跟气相孤立结构 ...

您好，我了解高斯不能优化周期性体系。我的意思是用高斯优化从晶胞中提取的单分子没问题，但是用CP2K优化这个单分子（原帖中已经说明放到足够大的周期形盒子中了）会与实际不符，所以我想直接用高斯优化完的结果，不再用CP2K对其进行优化。不知道这样可不可以，因为在构建其在Al表面的构型后，依然需要CP2K进行计算。

作者
Author: chands 时间: 2023-3-3 21:16

Mentary 发表于 2023-3-3 21:09
您好，我了解高斯不能优化周期性体系。我的意思是用高斯优化从晶胞中提取的单分子没问题，但是用CP2K优化 ...

有两个问题：（1）Gaussian不能做周期性体系，所以Gaussian优化出来的结构跟你从晶胞里提取的结构大概率不一样，比如晶胞结构阴阳离子是分开的，优化出来形成阴阳离子复合物也是可能。（2）盒子不是“足够大”就行，如果你要复现晶胞的性质，盒子的参数要与晶胞参数一致而且要加周期性边界条件。

如果你要优化孤立体系，当然可以用Gaussian优化好的结构放进CP2K计算。

作者
Author: Mentary 时间: 2023-3-3 21:44

chands 发表于 2023-3-3 21:16
有两个问题：（1）Gaussian不能做周期性体系，所以Gaussian优化出来的结构跟你从晶胞里提取的结构大概率 ...

您好，那我直接用高斯优化的结果构建其在Al表面的初始构型，然后用CP2K进行计算，基组和方法和原帖的一样是可以的吗？感谢您耐心的解答

作者
Author: chands 时间: 2023-3-3 22:04

Mentary 发表于 2023-3-3 21:44
您好，那我直接用高斯优化的结果构建其在Al表面的初始构型，然后用CP2K进行计算，基组和方法和原帖的一样 ...

可以。

作者
Author: Mentary 时间: 2023-3-3 22:08

chands 发表于 2023-3-3 22:04
可以。

十分感谢您的解答

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-9 17:25

chands 发表于 2023-3-3 20:17
当然可以先在Gaussian优化好再将结构导入CP2K作计算。CP2K用平面波基组，CP2K优化的结构不会与Gaussian完全 ...

CP2K里平面波只是起到辅助基组的作用
和Gaussian用同种基组和泛函，恰当设定的情况下，能量能相符到0.000N Hartree数量级

对于优化孤立分子，CP2K里作为非周期性体系并设置得当的情况下可以得到和Gaussian相当一致的优化结果。（不过CP2K里优化分子体系收敛慢得多，主要原因之一是基于笛卡尔坐标优化）

作者
Author: chands 时间: 2023-3-9 17:44

sobereva 发表于 2023-3-9 17:25
CP2K里平面波只是起到辅助基组的作用
和Gaussian用同种基组和泛函，恰当设定的情况下，能量能相符到0.00 ...

“CP2K里平面波只是起到辅助基组的作用”，请问如何起辅助作用呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-11 22:59

chands 发表于 2023-3-9 17:44
“CP2K里平面波只是起到辅助基组的作用”，请问如何起辅助作用呢？

波函数用高斯函数展开，平面波只是用来高效地计算静电作用

作者
Author: chands 时间: 2023-3-11 23:10

sobereva 发表于 2023-3-11 22:59
波函数用高斯函数展开，平面波只是用来高效地计算静电作用

谢谢！

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